后来发现也可以直接conda install tophat安装tophat!然后通过whereis tophat找到tophat文件,cd到该文件夹,并使用vi tophat命令进入vim编辑器,按a进入编辑模式,将第一行的#!/usr/bin/env python替换成刚刚创建的python2环境的路径,比如/home/zw/miniconda3/envs/python27,按Esc后:wq保存退出,再次运行tophat2。
conda install -y star hisat2 tophat bowtie2 bwa subread htseq bedtools deeptools salmon sra-tools conda指定版本: 删除环境: conda remove -n rnaseq -all 出现如下错误(可能由于网络原因部分软件没有下载,其实可以到~/miniconda/pkgs删除这一软件如:tophat;但是不知道是什么软件,故而只能来个粗暴的) OS...
我正试图在conda ( 4.10.3)环境(构建在python2.7上)中安装特定版本的TopHat (v.2.0.14)。我不能下载这个版本,因为它不能从任何渠道找到。回到我的终端,我尝试用以下代码进行安装:2.0.14.OSX_x86_64.tar conda insta 浏览9提问于2022-02-06得票数 1 1回答 什么意味着Conda和Pip不能互换使用? 、、...
这个channel通常是conda的默认channel,用户在安装软件时可以选择从哪个channel安装。 4. bioconda:这个channel是专门为生物信息学领域提供的,包含了很多生物信息学的工具包和库,比如BLAST、Bowtie、TopHat等。 5. pytorch:这个channel是专门为PyTorch框架提供的,包含了PyTorch的各个版本和依赖库。 6. r:这个channel是...
在用conda安装包时,有时会报错。 例如此处的tophat包的安装: image.png 仔细看报错信息,这里的原因是python版本发生了冲突。对于我这个包来说需要python2.7,但我这个环境创建的是python3.0.这种情况怎么办呢? 其实很简单,先退出当前环境,再重新创建一个python2.7的环境,进入2.7的环境进行此包的下载和运行即可 (我...
top可查看后台运行 htop可查看精细运行 1、要求熟练使用vim文本编辑器的输入方式保存方式等 2、for循环,while循环会写 3、正则表达式 3、shell脚本会编写 还有一些其他的常用的 Linux 操作命令(简单的 ls ,cd 那些就不贴出来了) ps #查看当前终端的任务,kill+编号可以直接删除任务 ...
conda install -ypysamucsc-blatbedtoolsstarstar-fusiontophatcircexplorer2 bwa bowtie bowtie2samtools conda install -y bioconductor-tcgabiolinks bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db -bash-4.1$ conda install -y ucsc-blat Solving environment: failed ...