首先利用conda安装bowtie2：conda install -y bowtie2 检查安装情况：bowtie2 -h 若成功安装，应无报错信息。若未安装bowtie2，先进行下载：wget ccb.jhu.edu/software/to...解压下载的文件：tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz 将解压的tophat添加至PATH环境变量中：export PATH=/...
首先要安装bowtie或bowtie2 conda install -y bowtie2 bowtie2 -h #检查是否安装成功 安装tophat2 安装 wget ccb.jhu.edu/software/to 解压 tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz 加入PATH(此时的路径应符合你安装的路径) export PATH=/home/tophat-2.1.1.Linux_x86_64/:$PATH 测试 tophat...
情况一:tophat2必须在python2.7下安装,选择在conda内创个小环境即可: 安装tophat2 ##下载 wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz ##解压 tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz ##加入环境变量path export PATH=/home/u20111230014/workspace/sof...
sudo sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh 在安装的过程中脚本会问你是否需要添加环境变量,选是,这样我们就不用再去添加环境变量了 下载并安装好Anaconda后,便可以用它来配置一个python2.7的环境,代码如下 conda create --name python27 python=2.7 -y 配置完成后后输入 conda info -e 就可以看到配置的信息...
在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程( tophat2 + cufflink + cuffdiff )虽然这个流程比较老了,现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的流程,但是作为入门的知识还是比较容易理解,这篇文章先更一下流程,后面会再更一篇安装 Linux 子系统(已更新),安装 anconda 和一些分析...