1.序列比对 序列比对用到tophat2软件,使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后,会直接生成bam文件,生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本,从而避免了使用其他软件时生成的sam文件要转化成bam文件才能作为cufflinks的输入文件 代码如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 tophat-p20-o to...
TopHat2比对有三个主要的过程,转录组的比对(步骤一),基因组的比对(步骤二),剪接比对(步骤三到六,如图4.1显示的一样),双端测序的Read首先每端数据要分别单独进行比对,然后考虑比对的片段长度以及方向将单独比对结果合并在一起形成双端比对结果。 图4.1Tophat2剪接比对的程序 (a)那些没有比对到基因组或者转录组的...
序列比对 又称为align RNA-Seq 分析中的策略从文件类型来看如下: FASTQ文件 SAM文件 BAM文件 FASTQ文件到SAM文件这一步就需要比对软件 [STAR、Tophat2、HISAT2] 来实现,目的是 把RNA-seqreads比对到合适的参考序列上. 如果用基因组作为参考序列可以检测到新的转录本,但可能需要耗费更多的计算资源;如果用转录组作...
mkdir Tophat2Index # vim Tophat2Index.sh fasta=Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa fasta_baseName=GRCh38 ln $fasta Tophat2Index bowtie2-build -f $fasta Tophat2Index/${fasta_baseName} # 运行 nohup sh Tophat2Index.sh >Tophat2Index.sh.log & 索引内容如下 Tophat2Index ├── ...
2.序列比对用到tophat2软件,使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后,会直接生成bam文件,生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本 mkdir tophat_out #创建一个用tophat比对的输出文件夹 for x in ~/trim_out/*clean.fastq ...
2.序列比对用到tophat2软件,使用tophat软件的优点在于tophat2在将待测序列与参考基因组比对后,会直接生成bam文件,生成的bam文件直接可以给cufflinks构建转录本 mkdir tophat_out#创建一个用tophat比对的输出文件夹forxin~/trim_out/*clean.fastqdoecho$xb=$(echo$x|cut-d"/"-f5|cut-d"-"-f1)mkdir~/top...