1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok,suse上编译装的,中间包依赖有问题,可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok,suse上执行的时候报找不到samtools,但是官网上手册说tophat2不需要samtools。。 装samtools吧,gcc编译时找不到lcurses库,发现把makefile里面lcurses换成lncurses即可。 但是后来发现tophat...
问TopHat 2似乎无法识别或使用指定的输出目录EN操作系统信息： [root@nfs01 ~]# cat /etc/redhat-...
2.序列比对需要tophat2软件。 其优点在于tophat2将待测序列与参考基因组比对后,则直接生成bam文件,且生成的bam文件可以直接给cufflinks构建转录本。 mkdir tophat_out#创建一个用tophat比对的输出文件夹forxin~/trim_out/*clean.fastqdoecho$xb=$(echo$x|cut-d"/"-f5|cut-d"-"-f1)mkdir~/tophat_out/$...