TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列,以及各序列的丰度,用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性,继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因,免疫调节形式等相关生命现象。在本期推送中,简要介绍...
图1 TCRseq和TCR库分析。 TCR是通过对可变(V)、多样性(D)、连接(J)和恒定(C)基因片段插入和缺失的重排产生的,因此产生巨大的多样性(9)。在TCRseq中,TCR基因中主要是互补决定区3 (CDR3),这是TCR中变化最大的区域,也是抗原特异性的重要识别区域,也...
基于bulk TCRseq的器官间克隆追踪分析可以使得被动员进入癌症免疫周期的浸润肿瘤性 T 细胞克隆更为丰富,提供了比表现型多样性或克隆性更直接的抗肿瘤 T 细胞反应指标。scTCRseq 技术可以将个体 T 细胞克隆与其基因表达谱链接起来,以实现对 TCR 表现型的更精确解释。此外,通过结合 scTCRseq 和 DNA 条形码化的肽-M...
TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列,以及各序列的丰度,用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性,继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因,免疫调节形式等相关生命现象。在本期推送中,简要介绍...
TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列,以及各序列的丰度,用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性,继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因,免疫调节形式等相关生命现象。在本期推送中,简要介绍...
The sequencing set-up is highly adaptable, employing configurations such as Illumina MiSeq PE300 and HiSeq PE150/250. A complete T-Cell Receptor (TCR) analysis is carried out, harnessing the principles of the 5'RACE technology. This enables the acquisition of full TCR sequences, facilitating ...
TCRscRNAseqAnalysis This notebook demonstrates how to do TCRseq coupled with scRNAseq analysis using scanpy and scirpy with data stored in google drive. https://colab.research.google.com/drive/124pVvo6wmWb9Gj95sP4jN_SPksm7L4Sr?usp=sharing More information available https://scirpy.scverse.org...
#.seq="aa"代表使用CDR3的氨基酸序列 #.verbose是否输出程序进程#比较twb的前两个数据框 ②twb数据框两两评估相似性 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 repOverlap(twb,'exact','nuc',.norm=T,.verbose=F)#.norm是否标准化 ③使用氨基酸序列+Vgene评估 ...
#.seq="aa"代表使用CDR3的氨基酸序列 #.verbose是否输出程序进程#比较twb的前两个数据框 ②twb数据框两两评估相似性 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 repOverlap(twb,'exact','nuc',.norm=T,.verbose=F)#.norm是否标准化 ③使用氨基酸序列+Vgene评估 ...
通过流式细胞术分选抗原特异性T细胞,并通过scTCR-CITE-seq或深度测序鉴定和筛选新抗原反应性TCR。然后,用单细胞多重嵌套式RT-PCR方法反转录TCRα/β链,并构建其相关的质粒(Step4)。通过将所选定的TCR序列克隆到逆转录病毒载体中并转导T细胞来产生表达候选反应性TCR的T细胞。不同的筛选实验证实了TCRα/β链转导的...