TCR克隆性分析在深入了解免疫系统在疾病、治疗和免疫应答中的作用方面具有至关重要的意义。这些分析有助于揭示T细胞克隆的多样性、动态变化和功能,为个性化医学、疫苗研发和免疫治疗提供有力的支持。 为此,我们在报告升级中引入了克隆性分析,并采用了三种不同的方法对克隆性结果...
对单个T细胞进行测序,一方面可以直接获得单细胞水平下克隆型的多样性信息;另一方面也可以直接对α-β链配对信息进行分析研究。为α-β受体链找到失散的“小伙伴”不再那么艰难! 立即索取单细胞TCR免疫组库分析的更多技术资料>> 书接上回,这一篇我们来聊一聊“单细胞TCR-Seq”技术。
01、同种样本、同种建库方案生物学重复之间的TCR克隆重复性分析 如下表所示,只有17-52%的TCR克隆在生物学重复间共有。如果仅仅分析每个重复中丰度最高的克隆,共有克隆数目显著上升,这说明了高丰度克隆是可重复的。此外,在UMI校正的数据中,共有克隆百分比的增加更加显著,这说明了添加UMI对于误差校正的有效性。 02、...
MiXCR是一款通用软件,用于快速准确地分析原始T细胞或B细胞受体序列数据。它适用于任何类型的测序数据: 带或不带UMI的批量曲目排序数据 单细胞测序数据,包括但不限于10x基因组学方案 RNA-Seq或任何其他类型的片段/霰弹枪数据,这些数据可能只包含目标序列的一小部分 ...
分析不同的TCR-Seq方法的灵敏度和特异性 接下来的测评是针对灵敏度和特异性。在TCR-Seq中,灵敏度是对真正稀有克隆型和变异频率的准确量化。 同样,特异性可以将测序错误与真正的罕见变异区进行区分。为了评估每种方法捕获所有克隆型的能力,研究人员从同一细胞样本的108个重复(45个TRA和63个TRB)中生成了一个silico ...
TCR-seq数据分析的主要目的就是统计各区域基因的出现频率,即geneUsage。这个时候就轮到今天的主角上场了——immunarch是一个R包,可以用来对很多软件的TCR-seq数据如mixcr、10X等做后续的数据分析。该R包含有丰富的处理函数以及多样性的数据展示类型,用起来也是相当方便,那话不多说来看一下如何使用该R包。
通过TCR profiling(TCR谱)可以分析一个个体T细胞中全部TCR信息,而TCR谱会在疾病的发生与发展中产生巨大变化,这就是为何研究者对特定疾病状态下(如癌症、自身免疫病、炎症以及感染类疾病)患者的免疫组库研究如此感兴趣的原因了。例如,Muraro等[8]使用TCR库分析多发性硬化患者自体干细胞移植对T细胞群的影响;在肿瘤研究...
针对含有免疫细胞的样本，基于转录组测序数据分析BCR/TCR免疫组库即是其中一个很新颖的角度。我们知道，对于B/T免疫细胞而言，其表达两类特别的基因，即BCR和TCR，这两类基因通过重组重排形成多样性非常高的不同克隆型，其编码的蛋白分别是B细胞和T细胞实现特异性体液免疫和细胞免疫功能的关键性免疫分子，对免疫学的...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
本文对13名患者的CD3+T细胞(在阿仑单抗治疗前后取样)进行了单细胞TCR和RNA测序分析。效应记忆T细胞和TCR多样性的丧失在T-LGLL中普遍存在的。不存在共有的TCRA和TCRB克隆型。细胞存活和凋亡基因程序的失调,以及CD8+克隆中凋亡基因的明显下调,是T-LGLL细胞的突出特征。通过阿仑单抗治疗后凋亡基因有所上调,在应答者...