虽然Eugster团队的方法在最终的分析中被认为是进行TRA分析时重复性最佳的方法,但SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit的灵敏度,与Eugster团队方法以及A公司的平台具有可比性。SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit可以提供同时分析TRA和TRB的选项,而且与其他8种方法相比,它在重复性、可靠性和灵敏度方面始终排名很高。...
TCR克隆性分析在深入了解免疫系统在疾病、治疗和免疫应答中的作用方面具有至关重要的意义。这些分析有助于揭示T细胞克隆的多样性、动态变化和功能,为个性化医学、疫苗研发和免疫治疗提供有力的支持。 为此,我们在报告升级中引入了克隆性分析,并采用了三种不同的方法对克隆性结果...
单细胞TCR免疫组库分析在提供丰富克隆型信息的同时,进一步展示了受体链的配对信息。这可以帮助研究人员深入了解T细胞的异质性、可塑性,分析配对方式对TCR抗原特异性识别的影响,设计治疗性抗体等。Takara单细胞TCR-Seq产品引入更多的对照,在处理复杂样品时可以帮助获得更高质量的数据。辅以友好的数据分析软件,让新手也可以...
首先,通过单细胞转录组测序数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群;从TCR/BCR测序数据中,我们可以鉴定出不同的克隆型信息。 2)免疫细胞亚型鉴定 接着,我们可以对免疫细胞进行再分群分析,鉴定不同的免疫细胞亚型,然后根据确定亚型的T/B细胞数据与TCR/BCR数据进行合并分析,获取每一个T/B细胞的克隆型多样性和...
针对含有免疫细胞的样本，基于转录组测序数据分析BCR/TCR免疫组库即是其中一个很新颖的角度。我们知道，对于B/T免疫细胞而言，其表达两类特别的基因，即BCR和TCR，这两类基因通过重组重排形成多样性非常高的不同克隆型，其编码的蛋白分别是B细胞和T细胞实现特异性体液免疫和细胞免疫功能的关键性免疫分子，对免疫学的...
通过相关性分析,TCR表达导致22%的T细胞表型变异,在扩散图中显示维度2下TCR表达连续增加。这些结果表明T细胞表型是由抗原TCR刺激和环境刺激的组合引起的。在具有扩展和非扩展克隆的颜色编码的同一扩散图上,扩展的克隆聚集在维度1的左侧,表明T-LGLL中克隆扩展对转录组的影响。在患者和健康供体中,TCR多样性与T细胞活化...
文献解读 |T-LGLL 的 scRNA-seq 与 TCR 分析 服务科技创新,护航人类健康!www.shbio.com
01、同种样本、同种建库方案生物学重复之间的TCR克隆重复性分析 如下表所示,只有17-52%的TCR克隆在生物学重复间共有。如果仅仅分析每个重复中丰度最高的克隆,共有克隆数目显著上升,这说明了高丰度克隆是可重复的。此外,在UMI校正的数据中,共有克隆百分比的增加更加显著,这说明了添加UMI对于误差校正的有效性。
MiXCR是一款通用软件,用于快速准确地分析原始T细胞或B细胞受体序列数据。它适用于任何类型的测序数据: 带或不带UMI的批量曲目排序数据 单细胞测序数据,包括但不限于10x基因组学方案 RNA-Seq或任何其他类型的片段/霰弹枪数据,这些数据可能只包含目标序列的一小部分 ...
https://www.borch.dev/uploads/screpertoire/ rm(list=ls())#devtools::install_github("ncborcherding/scRepertoire")# Load the package into Rlibrary(immunarch)library(scRepertoire)library(tidyverse)library(SingleCellExperiment)library(Seurat)read_mixcr_n_trans<-function(file,...){df<-read.delim(file...