TCR-seq数据分析的主要目的就是统计各区域基因的出现频率,即geneUsage。这个时候就轮到今天的主角上场了——immunarch是一个R包,可以用来对很多软件的TCR-seq数据如mixcr、10X等做后续的数据分析。该R包含有丰富的处理函数以及多样性的数据展示类型,用起来也是相当方便,那话不多说来看一下如何使用该R包。 代码 insta...
T细胞受体库测序(TCR-Seq)数据分析系统是由杭州瑞普基因科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1626240,属于分类,想要查询更多关于T细胞受体库测序(TCR-Seq)数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
案例2：基于RNA-seq数据发现预测HER2+乳腺癌患者化疗疗效的BCR/TCR标志物 [4]免疫微环境是HER2+乳腺癌患者治疗预后的重要因素，鉴定免疫标记物对优化该病的化疗效果至关重要。本研究对接受NeoALTTO（N=254）或CALGB 4060（N=264）III期临床实验前的共518个患者RNA-seq数据采用MiXCR软件进行回顾性研究，系统探索了BC...
而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特异性,有助于解析生物体抵御病原微生物入侵的免疫机制。将scRNA-seq与TCR/BCR-seq相结合,可一次性获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据,从而从多个维度深...
TCR基因结构,左:α链基因结构,右:β链基因结构 分析 目前,TCR-seq的数据有多种建库方式,根据建库方法的不同分别可以以DNA和RNA做为起始原料,两种材料都各有优缺点,由于研究mRNA可以获得最终的TCR产物,所以目前许多NGS方法都是以RNA作为起始材料而设计的。同时,RNA为起始材料还可以对整个J基因和V基因进行测...
众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4[2],该软件可...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
鉴于各种肿瘤以及其它疾病已有大量的RNA-seq数据发表以及MiXCR和TRUST4等相关软件的开发和成熟,从RNA-seq数据挖掘BCR/TCR信息具有很高的可行性。此外,相对于成本更高以及公共数据更少的免疫组库测序,基于转录组测序的免疫组库分析在大样本队列研究方面具有更多优势,有利于在大样本维度下获取新的重要发现。此外,对一些人...
鉴于各种肿瘤以及其它疾病已有大量的RNA-seq数据发表以及MiXCR和TRUST4等相关软件的开发和成熟,从RNA-seq数据挖掘BCR/TCR信息具有很高的可行性。此外,相对于成本更高以及公共数据更少的免疫组库测序,基于转录组测序的免疫组库分析在大样本队列研究方面具有更多优势,有利于在大样本维度下获取新的重要发现。此外,对一些人...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...