首先scRNA-seq鉴定了不同的免疫细胞亚群,包括单核细胞,嗜中性粒细胞,树突状细胞,T细胞,自然杀伤细胞和B细胞等(图2a)。接下来作者对T细胞和先天淋巴细胞进行了再分群分析,并基于标记基因表达和TCR特征将其分成了14个簇,包括4个CD4+ T 细胞亚群、5个CD8+ T细胞亚群和5个先天淋巴细胞亚群(图2b)。 随后,作者探究...
此外,作者介绍了两种新的TCR库分析方法,以促进TCR库数据的免疫学解释:bulk TCRseq器官间克隆跟踪分析,用于识别和分析肿瘤和其他组织中存在的T细胞克隆和单细胞(sc) TCRseq,用于在单细胞中识别TCR序列及其基因表达。 TCR测序方法综述 图1 TCRseq和TCR库分析...
目前,TCR-seq已经成为免疫学和临床研究中不可或缺的工具之一,对于免疫疾病治疗和癌症免疫疗法的研究具有重要的意义。 康测科技作为国内最早提供TCR-seq测序服务的供应商之一,凭借基于RNA检测的5’ RACE方法,一方面可以获得全长TCR信息,更重要的是避免了基于DNA检测的V-J引物...
TCR收敛与ICB治疗的临床结果相关 在抗PD-1治疗第一天收集的29 名尿路上皮癌患者的PBMC样本的TCRβ-seq数据中观察到,TCR收敛水平与总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)相关,高TCR收敛水平组的OS和PFS均显著更高(图6A-B). 以上发现在另一个接受免疫检查点封锁(ICB)试剂治疗的黑色素数据集中得到验证。TCR收敛显著...
众所周知，BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中，但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此，需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中，经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外，哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4[2]，该...
众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4[2],该软件可...
※灵活、高通量的单细胞分析:单次实验同时分析8个样品,生成上千单细胞的测序数据 ★ 性能展示: ※实验材料:T细胞和PBMCs(外周血单个核细胞) ※实验内容:单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析, 从芯片中收集cDNA后,使用3’TCRα/β 基因特异性(GSP)引物进行特异性扩增,后续对纯化后的文库使用Miseq测序仪进行测序...
结果表明,本次测试的9种方法中,研究人员注意到有3种TCR-Seq方法表现更好:mPCR-1、RACE-3和RACE-5。 分析不同的TCR-Seq方法的重复性和再现性 研究团队比较了不同TCR-Seq的重复性(即不同样本采用相同方法获得的数据之间的相似性)和再现性(即不同方法获得的数据之间的相似性)。热图的结果表明,RACE-3在TRA和TR...
这可以帮助研究人员深入了解T细胞的异质性、可塑性,分析配对方式对TCR抗原特异性识别的影响,设计治疗性抗体等。Takara单细胞TCR-Seq产品引入更多的对照,在处理复杂样品时可以帮助获得更高质量的数据。辅以友好的数据分析软件,让新手也可以从容应对。 通过两期的推送,我们准备了丰富的免疫组库分析知识,希望能为您的研究...
#.seq="aa"代表使用CDR3的氨基酸序列 #.verbose是否输出程序进程#比较twb的前两个数据框 ②twb数据框两两评估相似性 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 repOverlap(twb,'exact','nuc',.norm=T,.verbose=F)#.norm是否标准化 ③使用氨基酸序列+Vgene评估 ...