TCR-seq数据分析的主要目的就是统计各区域基因的出现频率,即geneUsage。这个时候就轮到今天的主角上场了——immunarch是一个R包,可以用来对很多软件的TCR-seq数据如mixcr、10X等做后续的数据分析。该R包含有丰富的处理函数以及多样性的数据展示类型,用起来也是相当方便,那话不多说来看一下如何使用该R包。 代码 insta...
T细胞受体库测序(TCR-Seq)数据分析系统是由杭州瑞普基因科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1626240,属于分类,想要查询更多关于T细胞受体库测序(TCR-Seq)数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
此外,我们的目标是将研究bulk TCR测序数据或bulk RNA-seq数据的实验或计算免疫学家引入常见的高分辨率和无偏多模态单细胞工作流程,从而能够产生新的生物学相关见解。由于TCR转录本靶向富集和TCR转录组单细胞测序的新兴应用,大量不同的工具被开发用于该数据的下游分析,试图整合基因表达和克隆型信息。本综述的最终目的是概...
※实验内容:单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析, 从芯片中收集cDNA后,使用3’TCRα/β 基因特异性(GSP)引物进行特异性扩增,后续对纯化后的文库使用Miseq测序仪进行测序,双端2×300 bp reads,600 cycles。下机数据可以通过配套的ICELL8 scTCR Analyzer软件进行拆分,进一步分析结果。 *分选与文库构建操作参照实验...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
结果表明,本次测试的9种方法中,研究人员注意到有3种TCR-Seq方法表现更好:mPCR-1、RACE-3和RACE-5。 分析不同的TCR-Seq方法的重复性和再现性 研究团队比较了不同TCR-Seq的重复性(即不同样本采用相同方法获得的数据之间的相似性)和再现性(即不同方法获得的数据之间的相似性)。热图的结果表明,RACE-3在TRA和TR...
本研究对已发表的来自于1063只狗的1361个RNA-seq数据进行二次挖掘，样本类型来自于血液、淋巴结和其他实体组织，其中，613个为肿瘤样本。数据分析采用TRUST4和MiXCR两种软件分别进行。数据分析主要涉及两种软件结果的比较、TRAV和TRBV基因使用、新的V基因及分型鉴定、CDR3长度及motif保守性分析、克隆扩增及多样性分析，...
分析软件 众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4[2]...
1.CD4+ Treg和Tconv scRNA-seq数据分析 为了发现细胞的小亚群和特异性基因,对Treg和Tconv做了Indrop单细胞转录组分析。用流式细胞仪从Foxp3gfp小鼠中分选出CD4+TCRβ+GFP+Treg和GFP-Tconv细胞用于单细胞转录组文库构建(Fig.1a)。为了降低不同实验批次的影响和评估实验结果的稳定,本文还用了10XGnomics和CEL-seq...
使用RT-qPCR在患者中测量了JAK-STAT途径中84个基因的表达,这些基因在T-LGLL患者中被激活,并且scRNA-seq和qPCR的结果显示出良好的相关性。尽管Fas和FasL在患者中过表达,但细胞凋亡基因包括TNF、CASP10和ATM下调,抗凋亡基因上调。使用STRING数据将顶级差异表达的基因映射到蛋白质-蛋白质相互作用网络,识别具有生物学意义...