将scRNA-seq与TCR/BCR-seq相结合,可一次性获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据,从而从多个维度深入挖掘免疫细胞的奥秘。今天,我们将探讨如何利用这两种强大的技术进行深入的数据关联分析。 关联分析思路 图1 两组学关联分析思路 1)细胞亚群和克隆型鉴定 首先,通过单细胞转录组测序数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群;
基于该克隆表,可以评估TCR库的特征,包括多样性(即库中存在的T细胞克隆数量)和克隆性(即库中特定T细胞克隆扩增的程度)(二次分析,图1C)。 表1 TCRseq方法的分类及其特点。 表1显示每种方法优点和缺点(11,12)。 表2 TCR-seq数据分析的计算工具。 通过N...
单细胞TCR免疫组库分析在提供丰富克隆型信息的同时,进一步展示了受体链的配对信息。这可以帮助研究人员深入了解T细胞的异质性、可塑性,分析配对方式对TCR抗原特异性识别的影响,设计治疗性抗体等。 Takara单细胞TCR-Seq产品引入了更多的对照,在处理复杂样品时可以帮助获得更高...
本研究对已发表的来自于1063只狗的1361个RNA-seq数据进行二次挖掘，样本类型来自于血液、淋巴结和其他实体组织，其中，613个为肿瘤样本。数据分析采用TRUST4和MiXCR两种软件分别进行。数据分析主要涉及两种软件结果的比较、TRAV和TRBV基因使用、新的V基因及分型鉴定、CDR3长度及motif保守性分析、克隆扩增及多样性分析，...
※实验内容:单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析, 从芯片中收集cDNA后,使用3’TCRα/β 基因特异性(GSP)引物进行特异性扩增,后续对纯化后的文库使用Miseq测序仪进行测序,双端2×300 bp reads,600 cycles。下机数据可以通过配套的ICELL8 scTCR Analyzer软件进行拆分,进一步分析结果。
分析软件 众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4[2]...
基于该克隆表,可以评估TCR库的特征,包括多样性(即库中存在的T细胞克隆数量)和克隆性(即库中特定T细胞克隆扩增的程度)(二次分析,图1C)。 表1 TCRseq方法的分类及其特点。 表1显示每种方法优点和缺点(11,12)。 表2 TCR-seq数据分析的计算工具。
一、分析软件 众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4...
单细胞测序中涉及的文库数量更多,对每个单细胞文库做好标记对下游数据分析工作而言至关重要。通过SMART-Seq Indexed Oligo,可以在转录本cDNA第一链合成时,为同一细胞来源的转录本添加相同“身份标签”—— cell barcode。这样,孔板中同一列的8个细胞样品都有了自己的“身份标签”,他们会被混成12组混合文库进行V(D...
结果表明,本次测试的9种方法中,研究人员注意到有3种TCR-Seq方法表现更好:mPCR-1、RACE-3和RACE-5。 分析不同的TCR-Seq方法的重复性和再现性 研究团队比较了不同TCR-Seq的重复性(即不同样本采用相同方法获得的数据之间的相似性)和再现性(即不同方法获得的数据之间的相似性)。热图的结果表明,RACE-3在TRA和TR...