目前,TCR-seq已经成为免疫学和临床研究中不可或缺的工具之一,对于免疫疾病治疗和癌症免疫疗法的研究具有重要的意义。 康测科技作为国内最早提供TCR-seq测序服务的供应商之一,凭借基于RNA检测的5’ RACE方法,一方面可以获得全长TCR信息,更重要的是避免了基于DNA检测的V-J引物...
结果表明,本次测试的9种方法中,研究人员注意到有3种TCR-Seq方法表现更好:mPCR-1、RACE-3和RACE-5。 分析不同的TCR-Seq方法的重复性和再现性 研究团队比较了不同TCR-Seq的重复性(即不同样本采用相同方法获得的数据之间的相似性)和再现性(即不同方法获得的数据之间的相似性)。热图的结果表明,RACE-3在TRA和TR...
这项研究利用TCR-seq技术分析了接受Ipilimumab和Nivolumab联合免疫治疗的转移性非小细胞肺癌患者外周血TCR的多样性和克隆性,发现基线时具有较高T细胞多样性(包括T细胞丰富度、多样性指数等)的患者对治疗反应更好,而发生免疫相关不良事件(irAE)的患者在毒性发生时T细胞丰富度显著降低,且肺炎患者的TCR序列与病毒感染的TCR数...
1.揭示免疫应答机制： T细胞是免疫系统中重要的组成部分，对抗原的识别和应答至关重要。通过TCR-seq技术...
TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列,以及各序列的丰度,用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系,从而揭示更深层次的T细胞功能特异性,继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因,免疫调节形式等相关生命现象。在本期推送中,简要介绍...
下面的示意图为我们展示了单细胞测序技术对于TCR-Seq而言的重要性: 通过对大量T细胞进行TCR测序分析,有助于理解TCR免疫组库的多样性、TCR介导的抗原特异性识别,以及适应性免疫的相关机制。然而,这样的研究方式虽然可以完成大量T细胞群体中克隆型的表达和相对丰度分析,但是除了一些稀有的细胞群体外,大部分T细胞都没有办法...
通过TCR profiling(TCR谱)可以分析一个个体T细胞中全部TCR信息,而TCR谱会在疾病的发生与发展中产生巨大变化,这就是为何研究者对特定疾病状态下(如癌症、自身免疫病、炎症以及感染类疾病)患者的免疫组库研究如此感兴趣的原因了。例如,Muraro等[8]使用TCR库分析多发性硬化患者自体干细胞移植对T细胞群的影响;在肿瘤研究...
Introduction of TCR-Seq The T cell receptor, an intrinsic surface protein of T cells, plays the pivotal role of recognising antigen peptides complexed within the Major Histocompatibility Complex (MHC). The binding of TCR to such peptide-MHC complexes activates the T lymphocytes through signal trans...
TCR-seq数据分析的主要目的就是统计各区域基因的出现频率,即geneUsage。这个时候就轮到今天的主角上场了——immunarch是一个R包,可以用来对很多软件的TCR-seq数据如mixcr、10X等做后续的数据分析。该R包含有丰富的处理函数以及多样性的数据展示类型,用起来也是相当方便,那话不多说来看一下如何使用该R包。
TCR-seq 分析 {MiXCR} MiXCR GitHub - milaboratory/mixcr: MiXCR is an ultimate software platform for analysis of Next-Generation Sequencing (NGS) data for immune profiling. Home - MiXCR Analysis overview - MiXCR Introduction of MiXCR MiXCR是一款通用软件,用于快速准确地分析原始T细胞或B细胞受体序列...