Figure 2 The assembly strategy of T2T genome 随着长读长组装技术的迅速发展，基因组的质量和完整性有了显著提升。对于T2T基因组的组装结果进行多方面评估变得尤为关键。基因组评估可分为连续性、完整性和准确性三个方面，本综述总结了用于评估基因组质量的常见指标和工具，如BUSCO完整性评估、LAI值、k-mer评估等。
2023年11月27日,Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression的基因组组装和基因表达水平相关性分析的文章。 通过将长读长和短读长测序数据与最先进的组装算法相...
4月22日，顶级生物信息学家李恒教授在Nature Review Genetics（IF=42.69）发表了题为“Genome assembly in the telomere-to-telomere era”的综述论文，该综述详细总结了目前T2T组装的发展过程，重点讨论了如何获得接近端粒到端粒的组装，并展望了解决剩余组装间隙和组装非二倍体基因组所需的技术和算法进步。图1 文...
基因组T2T-葡萄基因组 2023年4月4日,Horticulture Research在线发表了南京农业大学园艺学院、热带作物育种国家重点实验室和法国斯特拉斯堡大学联合通讯题为The complete reference genome for grapevine (Vitis vinifera L.) genetics and breeding的研究论文。 尽管有大量的葡萄基因组序列可用,但这些基因组组装在重复区域、...
随着测序技术(超长ONT联合PacBio HiFi)的发展,许多植物的端粒到端粒基因组(Telomere-to-telomere genome,T2T基因组)不断被揭示。近期,国际知名期刊Horticulture Research发布了20+篇园艺作物T2T基因组合集,这意味着目前该期刊对T2T基因组的“好感”十足!那么,我们该如何“玩转”植物T2T基因组呢?
01项目文章一|鲁山冬凌草高质量T2T基因组组装揭示了两种冬凌草的基因组结构差异英文标题:High-quality assembly of the T2T genome for Isodon rube
随着测序技术(超长ONT联合PacBio HiFi)的发展,许多植物的端粒到端粒基因组(Telomere-to-telomere genome,T2T基因组)不断被揭示。近期,国际知名期刊Horticulture Research发布了20+篇园艺作物T2T基因组合集,这意味着目前该期刊对T2T基因组的“好感”十足!那么,我们该如何“玩转”植物T2T基因组呢?
随着测序技术(超长ONT联合PacBio HiFi)的发展,许多植物的端粒到端粒基因组(Telomere-to-telomere genome,T2T基因组)不断被揭示。近期,国际知名期刊Horticulture Research发布了20+篇园艺作物T2T基因组合集,这意味着目前该期刊对T2T基因组的“好感”十足!那么,我们该如何“玩转”植物T2T基因组呢?
新闻发布厅｜中国农大李孟华教授团队在《自然·遗传》发表首个绵羊T2T参考基因组，并揭示与毛用性状相关的重要遗传变异 1月8日，中国农业大学动物科学技术学院李孟华教授团队在国际知名学术期刊《自然·遗传》（Nature Genetics）发表论文《绵羊T2T基因组组装鉴定与毛用性状相关的变异》（Telomere-to-telomere sheep genome ...
近日，中国农业科学院作物科学研究所刁现民团队在Molecular Plant在线发表题为A complete reference genome assembly for foxtail millet and Setaria-db, a comprehensive database for Setaria的文章，公布了谷子第一个T2T参考基因组，并建立了目前谷子最完整的多组学综合数据库，该数据库包含了T2T基因组、泛基因组、大...