在初始组装中,使用hifiasm将HiFi reads组装起来。然后使用MUMmer和12X.v0基因组版本(V. vinifera基因组组装12X.v0;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/genome/GCF_000003745.3)将38个contig排序成19条染色体(图1)。初始组装成contig后只剩下一个gap(补充数据图S1)。使用PN40024.v4的连续长reads填充该gap...
最新的T2T组装版本名为V6,长度为481,750,213bp,contig N50为17.71Mbp,是在第三代和第二代测序读取的精修之后获得的(图1d和2a以及补充表4)。两个未发布的版本V4和V5保留在Joint Genome Institute Phytozome数据库中。 通过与V3组装进行比较,评估了T2T基因组的质量。在V6中,contig N50显示出显著改善,从V3的465 k...
1月8日，中国农业大学动物科学技术学院李孟华教授团队在国际知名学术期刊《自然·遗传》（Nature Genetics）发表论文《绵羊T2T基因组组装鉴定与毛用性状相关的变异》（Telomere-to-telomere sheep genome assembly identifies variants associated with wool fineness），首次完成了中国著名的高繁殖力品种——湖羊的端粒到端粒...
2024年7月23日,中国农业大学的李孟华教授团队,在生物预印本服务器BioRxiv平台发布了题为Telomere-to-telomere sheep genome assembly reveals new variants associated with wool fineness trait的研究成果,发布了首个反刍动物绵羊的T2T完整基因组。该研究纠正了之前参考基因组中的多个结构错误,改进了重复序列区域中的结构...
正在进行的改进绵羊参考基因组装配的努力仍然留下许多缺口和不完整的区域,导致基因组研究中一些常见的失败和错误。 2025年1月8日,中国农业大学李孟华、贾善刚、兰州大学王维民共同通讯在Nature Genetics(IF=31.8)在线发表题为“Telomere-to-telo...
总之,完整组装并注释的葡萄T2T参考基因组为葡萄遗传学和育种提供了重要资源。 参考文献: Xiaoya Shi, et al. The complete reference genome for grapevine (Vitis vinifera L.) genetics and breeding, Horticulture Research, 2023.
此外,作者对黄芩中的 CYP450 基因家族进行了彻底的分析,并对 SbBHs 进行了功能测定。 参考文献: Pei T, Zhu S, Liao W, et al. Gap-free genome assembly and CYP450 gene family analysis reveal the biosynthesis of anthocyanins in Scutellaria baicalensis[J]. Horticulture Research, 2023, 10(12)....
多基因组比对 (multiple genome alignment, MGA)首先要定义多序列比对 (multiple sequence alignment, MSA)。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法(对于 2 个序列,使用“成对”而非“多个”),其中一组核苷酸是同源的,如果它们来自同一个共同祖先。这些比对通常由二维数组表示,其中每行代表一个输入序列,每...
Here, we present a haplotype-resolved and near telomere-to-telomere (T2T) genome assembly of the African catfish (Clarias gariepinus), utilizing Oxford Nanopore, PacBio HiFi, Illumina and Hi-C sequencing technologies. The primary assembly spans 969.62 Mb with only 47 contigs, achieving a contig...
文章题目:The complete reference genome for grapevine (Vitis vinifera L.) genetics and breeding 发表期刊:Horticulture Research(IF=7.291) 发表时间:2023.04 主要研究结果 1、 端粒到端粒gap-free的参考基因组——PN_T2T PN40024是一种高度纯合的黑比诺品种,使用PacBio平台测序,总共生成了21 Gb(~42×)HiFi数...