Genome Continuity Inspector (GCI) is an assembly assessment tool for high-quality genomes (e.g. T2T genomes), in base resolution. After stringently filtering the alignments generated by mapping long reads (PacBio HiFi and/or Oxford Nanopore long reads) back to the genome assembly, GCI will ...
Tool to re-map bam input files to T2T genome. Contribute to m-mahgoub/nf-core-ttmap development by creating an account on GitHub.
GB|人T2T基因组与参考基因组差异的分析 2023年7月4日,Genome Biology在线发表上海交通大学毛亚飞课题组题为“Characterization of large-scale genomic differences in the first complete human genome”的研究论文。 大规模基因组差异主要集中在复杂的基因组区域,这些区域在人类疾病和进化适应中起着重要作用。例如,Notch...
Illumina数据评估利用软件Merqury(githup: https://github.com/marbl/merqury),通过切kmer比对基因组的方式，获得二代数据对基因组一致性的质量值，质量值越高，表明组装基因组的准确性越高。HiFi和Nanopore数据评估利用Winnowmap2将HiFi和Nanopore数据比对到纠错后的基因组，利用IGV查看产生填充GAP和SV的区域的覆盖深度...
发表题目:GCI: a continuity inspector for complete genome assembly 二、摘要 动机:近期长读长测序技术的进步显著促进了高质量基因组组装的产生。端到端(T2T)无间隙组装已成为基因组组装努力的新黄金标准。尽管有几项近期的努力声称产生了T2T级别的参考基因组,但仍然缺少一个通用标准来验证一个基因组组装是否达到了...
T2T reference genome ofActinidia chinensiscv. ‘Hongyang’ Hongyang_v4.0.HY4P.Chr1-15.fasta.gz: The Hongyang v4.0 genome assembly HY4P, chromosome 1-15 in FASTA format Hongyang_v4.0.HY4P.Chr16-29.fasta.gz: The Hongyang v4.0 genome assembly HY4P, chromosome 16-29 in FASTA format ...
https://github.com/dongyawu/humanT2TPhasedGenome/blob/main/gap_filling_by_assembly.sh 分别用 hifiasm + Hic , verkko 和flye的组装结果去补gap 对应的代码是一个perl脚本 https://github.com/dongyawu/humanT2TPhasedGenome/blob/main/R7_gap_filling_by_assembly.pl ...
2023年2月23日,Plant Biotechnology Journal在线发表了中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武团队题为A near-complete genome assembly of Brassica rapa provides new insights into the evolution of centromeres的研究论文。 在这项研究中,作者使用ONT超长读测序和Hi-C技术,完成了B. rapa的近乎完整的基因组组装。新组装...
2023年2月23日,Plant Biotechnology Journal在线发表了中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武团队题为A near-complete genome assembly ofBrassica rapaprovides new insights into the evolution of centromeres的研究论文。 在这项研究中,作者使用ONT超长读测序和Hi-C技术,完成了B. rapa的近乎完整的基因组组装。新组装品...
git clone https://github.com/aaranyue/quarTeT.git 克隆到本地后,进入quarTeT目录: cd quarTeT ls 可以看见quartet_centrominer.py的python文件,该文件即用来鉴定着丝粒。 python /your/path/to/quartet_centrominer.py -h usage: quartet_centrominer.py [-h] -i GENOME_FASTA [--TE TE] [-n MIN_PERIO...