1月8日，中国农业大学动物科学技术学院李孟华教授团队在国际知名学术期刊《自然·遗传》（Nature Genetics）发表论文《绵羊T2T基因组组装鉴定与毛用性状相关的变异》（Telomere-to-telomere sheep genome assembly identifies variants associated with wool fineness），首次完成了中国著名的高繁殖力品种——湖羊的端粒到端粒...
2023年06月02日,Plant Communications在线发表了福建农林大学林占熺教授团队和广西大学张积森教授团队合作题为A near-complete genome assembly of the allotetrapolyploid Cenchrus fungigraminus (JUJUNCAO) provides insights into its evolution and C4 photosynthesis的巨菌草基因组研究论文。 近年来,DNA测序技术和组装方...
2024年7月23日,中国农业大学的李孟华教授团队,在生物预印本服务器BioRxiv平台发布了题为Telomere-to-telomere sheep genome assembly reveals new variants associated with wool fineness trait的研究成果,发布了首个反刍动物绵羊的T2T完整基因组。该研究纠正了之前参考基因组中的多个结构错误,改进了重复序列区域中的结构...
最新的T2T组装版本名为V6,长度为481,750,213bp,contig N50为17.71Mbp,是在第三代和第二代测序读取的精修之后获得的(图1d和2a以及补充表4)。两个未发布的版本V4和V5保留在Joint Genome Institute Phytozome数据库中。 通过与V3组装进行比较,评估了T2T基因组的质量。在V6中,contig N50显示出显著改善,从V3的465 k...
随着物种基因组研究的不断发展,测序技术的不断提升,物种基因组的连续性和完整性也都得到大幅提升。物种基因组从普通二代测序组装的draft genome(基因组1.0),到使用PacBio或ONT(R9.4)测序技术结合Hi-C组装的high-quality genome(基因组2.0),再到由ONT(N50>50Kb或R10)测序技术组装的near complete genome(基因组3.0...
此外,高密度遗传连锁图谱可以用来通过确认标记和基因的预期顺序和方向来验证组装的准确性。此外,细菌人工染色体克隆的序列可以用来提高基因组组装的准确性和完整性。尽管耗时且劳动密集,手动整理显著提高了组装的准确性和信心。一旦组装完成,有几种工具,如BUSCO、QUAST和GenomeQC,可以用来评估它们的质量和完整性。
JIPB 2024年66卷第10期封面故事来自中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所团队全员参与完成的科研成果:“The Pineapple Reference Genome: Telomere-to-Telomere Assembly, Manually Curated Annotation, and Comparative Analysis”(https://doi.org/10.1111/jipb.13748)。该工作完成了菠萝三个新材料的基因组测定...
此外,高密度遗传连锁图谱可以用来通过确认标记和基因的预期顺序和方向来验证组装的准确性。此外,细菌人工染色体克隆的序列可以用来提高基因组组装的准确性和完整性。尽管耗时且劳动密集,手动整理显著提高了组装的准确性和信心。一旦组装完成,有几种工具,如BUSCO、QUAST和GenomeQC,可以用来评估它们的质量和完整性。
Genome annotation identified 25,655 protein-coding genes and estimated 43.94% genome-wide repetitive elements. This data provides valuable genomic resources to advance aquaculture practices and to explore the genomic underpinnings of the ecological resilience of airbreathing catfish and related teleosts....
日前,中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所团队在JIPB发表了科研团队全员参与完成的科研成果:“The Pineapple Reference Genome: Telomere-to-Telomere Assembly, Manually Curated Annotation, and Comparative Analysis”(https://doi....