转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Ret...
朝六晚十创建的收藏夹网药内容:中药复方网络药理学:11. 基于String的PPI网络构建教学,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
关注生信文章的小伙伴应该常见到通过构建蛋白质相互作用(PPI网络)来筛选hub基因,那就不得不用到STRING数据库。 STRING数据库作为一个综合性的数据库,在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。小云今天将从功能介绍、使用方法和结果解读等方面对STRING数据库进行详细介绍,以便更好地了解STRING数据库在生信分析中的应用...
7. PPI蛋白网络相互作用构建(STRING)药学生阿程 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多18.8万 128 11:12 App 如何用cytoscape做一个美观精致的PPI网络图?下期出string网站的教程,点个关注持续关注吧~ 20.6万 366 31:59 App PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与...
5个好用的基因蛋白互作PPI工具分享! 1. STRING STRING想必大家都不陌生,经典蛋白互作网络构建数据库,科研必备。目前版本v11.5,不过包含新基因组、数据源和方法的v12.0即将推出,有兴趣的也可以去测试体验下。 点击首页SEARCH进入检索页,可在左侧栏目中选择检索方式,如按单个蛋白检索,输入蛋白名和物种,点击SEARCH即可。
15. 蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks) 生信幻想家 5062 1 7. PPI蛋白网络相互作用构建(STRING) 药学生阿程 2.0万 5 Cytoscape教程 P4 主菜单二:网络统计 野菜茎小甜饼 1.4万 4 Cytoscape作图-2(中药单方&复方) 周末sunshine 5.6万 33 cytoscape之网络图绘制 沈序摇 1.2万 2 ...
String:蛋白互作网络(PPI)分析数据库 String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。 String数据库主要包含以下功能: Network
运用STRING创建蛋白互作网络（PPI）访问STRING数据库，链接：string-db.org/。使用R语言包clusterProfiler中的示例基因列表，获取gene symbol的代码。将gene symbol上传至STRING网站，获取结果。目前，我需要编辑该图像，因此下载了文件。通常，该文件可以导入至Cytoscape软件进行可视化。然而，我昨天尝试了，未发现...
21.01跟着誉川学网药:用String网站工具对药物和疾病的交集基因进行蛋白互作分析,并下载数据2024-12-10-10-52-21 18:44 21.02跟着誉川学网药:用Cytoscape对String网站下载下来的PPI数据进行进一步筛选处理2024-12-10-16-30-31 45:10 22.01跟着誉川学网药,用String对核心靶点基因进行GO和KEGG分析2024-12-10-17...