上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
关注生信文章的小伙伴应该常见到通过构建蛋白质相互作用(PPI网络)来筛选hub基因,那就不得不用到STRING数据库。 STRING数据库作为一个综合性的数据库,在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。小云今天将从功能介绍、使用方法和结果解读等方面对STRING数据库进行详细介绍,以便更好地了解STRING数据库在生信分析中的应用...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Ret...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络,比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等,但是使用最多的还是蛋白质互作网络(protein protein interaction network,PPI network),而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。 STRING数据库简介 STRING(Search Tool for the Retrie...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
在Switch View中切换到Network,可显示PPI网络,不过无法存储为矢量,更建议大家下载数据,使用Cytoscape自行绘图,更详细内容可戳往期教程。 数据库链接:https://thebiogrid.org/ 教程链接:《分享一个基因蛋白互作数据库》 5. HINT HINT中的数据来自8个互作资源数据库(BioGRID、MINT、iRefWeb、DIP、IntAct、HPRD、MIPS和...
通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”,即多个蛋白的输入。 1. Input your genelist,并选择对应物种àSearch 2. Mapping gene symbol 3. PPI network setting 本案例差异基因表较多,所以默认参数下网络过于复杂: 这种情况下我们需要根据实际情况调整参数: 点击setting: 如下图划线部分参数均可调整,...
蛋白互作网络,即Protein–protein interaction(PPI) network,是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂,每一个蛋白都是一个节点,多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构,故称之为蛋白互作网络。 分析蛋白互作网络的目的是什么呢?主要有两点:一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(proteinprotein interaction network,PPInetwork)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能...
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 3.1万 42 13:26 App 8.1 Cytoscape构建药物-成分-靶点基因网络(Network文件、Tape文件编写及其安装介绍) 2.2万 3 8:20 App 如何使用Cytoscape做一个精美的ppi网络图(版本3.7.1) 1.2万 8 11:03 App 4.2 HERB数据主要成分...