朝六晚十创建的收藏夹网药内容:中药复方网络药理学:11. 基于String的PPI网络构建教学,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Ret...
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 3.2万 26 9:45 App 8.2 Cytoscape构建药物-成分-靶点基因网络操作步骤(1)(无脚本) 12.6万 156 14:01 App 10.疾病-通路-靶点-成分-药物网络构建(Cytoscape) 1.9万 3 11:49 App 1.Cytoscape入门-基本网络构建 2.8万 16...
如下,得到了目标蛋白间的PPI网络。 点击网络图下方各个模块,可获得更多维度信息数据。点击Exports可导出网络图表或节点边线信息表格。支持导入Cytoscape绘制更个性化的互作网络图,详情可戳往期。 数据库链接:https://cn.string-db.org/ 教程链接: 《如何进行基因、蛋白互作网络分析?》 2. GeneMANIA GeneMANIA是一个可轻...
String:蛋白互作网络(PPI)分析数据库 String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
21.01跟着誉川学网药:用String网站工具对药物和疾病的交集基因进行蛋白互作分析,并下载数据2024-12-10-10-52-21 18:44 21.02跟着誉川学网药:用Cytoscape对String网站下载下来的PPI数据进行进一步筛选处理2024-12-10-16-30-31 45:10 22.01跟着誉川学网药,用String对核心靶点基因进行GO和KEGG分析2024-12-10-17...
运用STRING创建蛋白互作网络（PPI）访问STRING数据库，链接：string-db.org/。使用R语言包clusterProfiler中的示例基因列表，获取gene symbol的代码。将gene symbol上传至STRING网站，获取结果。目前，我需要编辑该图像，因此下载了文件。通常，该文件可以导入至Cytoscape软件进行可视化。然而，我昨天尝试了，未发现...
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。 String数据库主要包含以下功能: Network
write.table(gene.df$SYMBOL,file="../../PPI_pra_example_gene_symbol.txt", row.names = F,quote = F,col.names = F) 将gene symbol上传到 STRING网站 得到结果 但是现在我想编辑这个图像,所以我就可以下载文件 通常可以把这个文件导入到Cytoscape软件里进行可视化,但是我昨天试了一下,没有找到批量分组添...
1、使用String在线数据库进行PPI分析。（多条序列输入要使用fasta格式，>号开头）网站：https://cn....