蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
实用工具丨基于STRING的蛋白质相互作用（PPI）分析 转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见...
具体来说,网络图中的每一个节点(node)代表由一个单一的蛋白质编码基因位点产生的所有蛋白质变体。 线(Edges):PPI网络图的节点间的连线代表着蛋白与蛋白之间的关联。STRING数据库的特色就在于此,它整合了7种类型的证据(Evidence),并且分别按照不同权重进行评分,最后计算一个综合得分(combined score),以此来评价该对...
1. PPI PPI(Protein-protein interaction),蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质,连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物,通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性,进而挖掘核心的调控基因。 2. STRING数...
5个好用的基因蛋白互作PPI工具分享! 1. STRING STRING想必大家都不陌生,经典蛋白互作网络构建数据库,科研必备。目前版本v11.5,不过包含新基因组、数据源和方法的v12.0即将推出,有兴趣的也可以去测试体验下。 点击首页SEARCH进入检索页,可在左侧栏目中选择检索方式,如按单个蛋白检索,输入蛋白名和物种,点击SEARCH即可。
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。 String数据库主要包含以下功能: Network
实用工具丨基于STRING的蛋白质相互作用(PPI)分析 转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络,比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等,但是使用最多的还是蛋白质互作网络(protein protein interaction network,PPI network),而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。 STRI...
String:蛋白互作网络(PPI)分析数据库 String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。
network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样...