转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络,比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等,但是使用最多的还是蛋白质互作网络(protein protein interaction network,PPI netwo…
具体来说,网络图中的每一个节点(node)代表由一个单一的蛋白质编码基因位点产生的所有蛋白质变体。 线(Edges):PPI网络图的节点间的连线代表着蛋白与蛋白之间的关联。STRING数据库的特色就在于此,它整合了7种类型的证据(Evidence),并且分别按照不同权重进行评分,最后计算一个综合得分(combined score),以此来评价该对...
STRING数据库:蛋白质相互作用(PPI网络)的分析神器~ 关注生信文章的小伙伴应该常见到通过构建蛋白质相互作用(PPI网络)来筛选hub基因,那就不得不用到STRING数据库。 STRING数据库作为一个综合性的数据库,在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。小云今天将从功能介绍、使用方法和结果解读等方面对STRING数据库进行详细...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
本视频介绍如何运用交集基因在STRING来构建PPI网络,也紧跟6视频进行讲解, 视频播放量 28309、弹幕量 9、点赞数 185、投硬币枚数 70、收藏人数 482、转发人数 155, 视频作者 药学生阿程, 作者简介 QQ群963228403,相关视频:PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(s
5个好用的基因蛋白互作PPI工具分享! 1. STRING STRING想必大家都不陌生,经典蛋白互作网络构建数据库,科研必备。目前版本v11.5,不过包含新基因组、数据源和方法的v12.0即将推出,有兴趣的也可以去测试体验下。 点击首页SEARCH进入检索页,可在左侧栏目中选择检索方式,如按单个蛋白检索,输入蛋白名和物种,点击SEARCH即可。
network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的...
实用工具丨基于STRING的蛋白质相互作用（PPI）分析 转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见...
简介1.PPI PPI(Protein-protein interaction),蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质,连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物,通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性,进而挖掘核心的调控基因。2.STRING数据库 STRING数据库是蛋白质相互作用的数据库,覆盖物种多,蛋白数...
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。 String数据库主要包含以下功能: Network