##PPIpng("string_PPI.png",units="in",width=10,height=10,res=400)string_db$plot_network(hits)dev.off()## PPI_halo #给PPI添加上下调信息 # filter by p-value and add a colorcolumn(i.e.greenfordown and redforup genes)dat_map_color<-string_db$add_diff_exp_color(subset(dat_map,pva...
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 春秋至-生信碱移 2:45:46 中药复方网络药理学教学视频 茶树在山上 65490 36:04 中药复方网络药理学:7. 复方成分及其网络框架的构建 誉川中医药 18:53 中药复方网络药理学:10.2 疾病数据库(二) ...
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 3.1万 42 13:26 App 8.1 Cytoscape构建药物-成分-靶点基因网络(Network文件、Tape文件编写及其安装介绍) 2.2万 3 8:20 App 如何使用Cytoscape做一个精美的ppi网络图(版本3.7.1) 1.2万 8 11:03 App 4.2 HERB数据主要成分...
本视频介绍如何运用交集基因在STRING来构建PPI网络,也紧跟6.视频进行讲解
下面我们以BCAR1为例, 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。 一、首先打开String数据库(http://string.embl.de/),1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 二、search后,出现如下界面,这一步主要是为...
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实操课程系列:PPI蛋白互作和hub基因 Dr小虾米 838 0 10:15 11.PPI网络核心基因 bili_310148452 1058 0 12:27 如何从一堆基因构建一个蛋白互作网络 科研猫bili 1562 0 07:01 e嘉医 | 中药网络药理学:【20】专题四 蛋白互作分析-STRING(二) e嘉医 1.1万 6 36:38 Cytoscape软件使用以及PPI(...
3. STRING 网页版的简单使用:文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关,还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)的构建,查看这些基因之间的联系,进而锁定关键基因。 关于关键基因、hub基因,这篇文章说得很详细...
3.STRING 网页版的简单使用: 文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关,还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)的构建,查看这些基因之间的联系,进而锁定关键基因。