③ PPI蛋白互作网络绘制 完成以上步骤后使用plot_network即可绘制PPI图,还可以给PPI添加上下调信息(上调标记为红色光环,下调标记为绿色光环) 代码语言:javascript 复制 ##PPIpng("string_PPI.png",units="in",width=10,height=10,res=400)string_db$plot_network(hits)dev.off()## PPI_halo #给PPI添加上下调...
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 3.1万 42 13:26 App 8.1 Cytoscape构建药物-成分-靶点基因网络(Network文件、Tape文件编写及其安装介绍) 2.2万 3 8:20 App 如何使用Cytoscape做一个精美的ppi网络图(版本3.7.1) 1.2万 8 11:03 App 4.2 HERB数据主要成分...
保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只...
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
按照上述步骤构建好PPInetwork之后:Appsà MCODE à open MCODEà Analyze current network: 得到多个Clusters,选中其中一个à Create Sub-Network: 由于使用的NetworkAnalyzer_styles,而新的子网络没有相应参数,所以一片苍白,可以再次进行ToolsàNetwork Analysis: ...
中药复方网络药理学:8. 基于Cytoscape的复方成分-靶点网络基本调节与可视化 誉川中医药 22.0万468 31:59 PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 春秋至-生信碱移 2:45:46 中药复方网络药理学教学视频 茶树在山上 ...
如下,得到了目标蛋白间的PPI网络。 点击网络图下方各个模块,可获得更多维度信息数据。点击Exports可导出网络图表或节点边线信息表格。支持导入Cytoscape绘制更个性化的互作网络图,详情可戳往期。 数据库链接:https://cn.string-db.org/ 教程链接: 《如何进行基因、蛋白互作网络分析?》 ...
转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the ...
下面我们以BCAR1为例, 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。 一、首先打开String数据库(http://string.embl.de/),1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 二、search后,出现如下界面,这一步主要是为...
PPI PPI(Protein-protein interaction),蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质,连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物,通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性,进而挖掘核心的调控基因。 2. STRING数据库