构建PPI网络一般需要使用string数据库获取蛋白互作信息以及进行互作网络的可视化。下面探究一下STRING数据库的网页和R语言版的使用:其他数据库的使用:跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库) 1. STRING 数据库基本介绍 官网: STRING: functional protein association networks (string-db.org)R语言版本:Bioconductor - S...
下面我们以BCAR1为例, 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。 一、首先打开String数据库(http://string.embl.de/),1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 二、search后,出现如下界面,这一步主要是为...
使用string数据库获得蛋白互作信息并将其输入制cytoscape软件中进行蛋白互作网络的构建知识 科学科普 打卡挑战 春秋至-生信碱移 发消息 人生就像一场不能倒放的电影 充电 关注1.4万 学习向 1/41 创建者:菏语 收藏 PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 20.7万播放...
使用string数据库获得蛋白互作信息并将其输入制cytoscape软件中进行蛋白互作网络的构建 知识 科学科普 打卡挑战 10:15 bili_310148452 10750 7. PPI蛋白网络相互作用构建(STRING) 药学生阿程 02:58 用cytoNCA得到核心靶点 ksymysky 61990 Cytoscape作PPI网络图,排版差异基因及筛选核心基因 ...
3. STRING 网页版的简单使用:文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关,还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)的构建,查看这些基因之间的联系,进而锁定关键基因。 关于关键基因、hub基因,这篇文章说得很详细...
3.STRING 网页版的简单使用: 文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关,还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)的构建,查看这些基因之间的联系,进而锁定关键基因。
构建PPI网络一般需要使用string数据库获取蛋白互作信息以及进行互作网络的可视化。下面探究一下STRING数据库的网页和R语言版的使用:其他数据库的使用:跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库) 1. STRING 数据库基本介绍 官网:STRING: functional protein association networks ()R语言版本:Bioconductor - STRINGdb ...
构建PPI网络一般需要使用string数据库获取蛋白互作信息以及进行互作网络的可视化。下面探究一下STRING数据库的网页和R语言版的使用:其他数据库的使用:跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库) 1. STRING 数据库基本介绍 官网:STRING: functional protein association networks ()R语言版本:Bioconductor - STRINGdb ...
一、首先打开String数据库(http://string.embl.de/),1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 二、search后,出现如下界面,这一步主要是为了让使用者核实所选基因或蛋白是否正确,然后点击continue。 三、Continue后显示如下界...
一、首先打开String数据库(http://string.embl.de/),1 点击Multiple proteins——2 导入数据——3 选择物种——4 点击search。 二、search后,出现如下界面,这一步主要是为了让使用者核实所选基因或蛋白是否正确,然后点击continue。 三、Continue后显示如下界面: ...