7. PPI蛋白网络相互作用构建(STRING)药学生阿程 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多18.8万 128 11:12 App 如何用cytoscape做一个美观精致的PPI网络图?下期出string网站的教程,点个关注持续关注吧~ 20.6万 366 31:59 App PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与...
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转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见。STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Ret...
String:蛋白互作网络(PPI)分析数据库 String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。 研究蛋白...
String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。 String数据库主要包含以下功能: Network
PPI PPI(Protein-protein interaction),蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质,连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物,通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性,进而挖掘核心的调控基因。 2. STRING数据库
关注生信文章的小伙伴应该常见到通过构建蛋白质相互作用(PPI网络)来筛选hub基因,那就不得不用到STRING数据库。 STRING数据库作为一个综合性的数据库,在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。小云今天将从功能介绍、使用方法和结果解读等方面对STRING数据库进行详细介绍,以便更好地了解STRING数据库在生信分析中的应用...
network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的...
运用STRING创建蛋白互作网络（PPI）访问STRING数据库，链接：string-db.org/。使用R语言包clusterProfiler中的示例基因列表，获取gene symbol的代码。将gene symbol上传至STRING网站，获取结果。目前，我需要编辑该图像，因此下载了文件。通常，该文件可以导入至Cytoscape软件进行可视化。然而，我昨天尝试了，未发现...
5个好用的基因蛋白互作PPI工具分享! 1. STRING STRING想必大家都不陌生,经典蛋白互作网络构建数据库,科研必备。目前版本v11.5,不过包含新基因组、数据源和方法的v12.0即将推出,有兴趣的也可以去测试体验下。 点击首页SEARCH进入检索页,可在左侧栏目中选择检索方式,如按单个蛋白检索,输入蛋白名和物种,点击SEARCH即可。