上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”,即多个蛋白的输入。 选择好蛋白的输入方式后,输入一列差异基因,STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因,格式也是每行一个基因名(或者说是蛋白名字吧,总之就是差异基因所表达的蛋白)。简而言之,这个页面上的操作的步骤是先选择“Multiple protenins”,然...
③ PPI蛋白互作网络绘制 完成以上步骤后使用plot_network即可绘制PPI图,还可以给PPI添加上下调信息(上调标记为红色光环,下调标记为绿色光环) 代码语言:javascript 复制 ##PPIpng("string_PPI.png",units="in",width=10,height=10,res=400)string_db$plot_network(hits)dev.off()## PPI_halo #给PPI添加上下调...
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
本节就让小编带大家认识STRING数据库的蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以下简称PPI网络。类似地,以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。 1、准备输入数据 假设我们同样基于表达谱数据获得了一些差异表达的基因列表,现在有待于识别这些基因间的关系。考虑到编码基因发挥作用的最终形式是以蛋白功能实现的,因此就通过STRING数...
关注生信文章的小伙伴应该常见到通过构建蛋白质相互作用(PPI网络)来筛选hub基因,那就不得不用到STRING数据库。 STRING数据库作为一个综合性的数据库,在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。小云今天将从功…
STRING网站的官网(网址为https://cn.string-db.org/),左侧一栏是网站的输入方式,右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”,即多个蛋白的输入。 1. Input your genelist,并选择对应物种àSearch 2. Mapping gene symbol 3. PPI network setting 本案例差异基因表较多,...
回到检索页,左侧选择第二栏Multiple proteins,输入多个目标蛋白继续SEARCH可以探索多个目标蛋白间的互作关系。 如下,得到了目标蛋白间的PPI网络。 点击网络图下方各个模块,可获得更多维度信息数据。点击Exports可导出网络图表或节点边线信息表格。支持导入Cytoscape绘制更个性化的互作网络图,详情可戳往期。
蛋白互作网络,即Protein–protein interaction(PPI) network,是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂,每一个蛋白都是一个节点,多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构,故称之为蛋白互作网络。 分析蛋白互作网络的目的是什么呢?主要有两点:一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作...
线(Edges):PPI网络图的节点间的连线代表着蛋白与蛋白之间的关联。STRING数据库的特色就在于此,它整合了7种类型的证据(Evidence),并且分别按照不同权重进行评分,最后计算一个综合得分(combined score),以此来评价该对蛋白的互作关系的可信度。在PPI网络图中,7种证据被赋予7种不同颜色的连线。具体如下: ...