③ PPI蛋白互作网络绘制 完成以上步骤后使用plot_network即可绘制PPI图,还可以给PPI添加上下调信息(上调标记为红色光环,下调标记为绿色光环) 代码语言:javascript 复制 ##PPIpng("string_PPI.png",units="in",width=10,height=10,res=400)string_db$plot_network(hits)dev.off()## PPI_halo #给PPI添加上下调...
通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”,即多个蛋白的输入。 选择好蛋白的输入方式后,输入一列差异基因,STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因,格式也是每行一个基因名(或者说是蛋白名字吧,总之就是差异基因所表达的蛋白)。简而言之,这个页面上的操作的步骤是先选择“Multiple protenins”,然...
STRING数据库是一个基于公共数据库和文献信息的蛋白质相互作用网络数据库。它收集了多个公共数据库,包括UniProt、KEGG、NCBI和Gene Ontology等,整合了这些数据并生成一个全面的蛋白质相互作用网络数据库。 STRING数据库不仅提供了蛋白质相互作用网络的可视化,还能够提供蛋白质家族、途径和亚细胞定位等信息。 除此之外,STRIN...
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
本节就让小编带大家认识STRING数据库的蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以下简称PPI网络。类似地,以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。 1、准备输入数据 假设我们同样基于表达谱数据获得了一些差异表达的基因列表,现在有待于识别这些基因间的关系。考虑到编码基因发挥作用的最终形式是以蛋白功能实现的,因此就通过STRING数...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
蛋白互作网络,即Protein–protein interaction(PPI) network,是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂,每一个蛋白都是一个节点,多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构,故称之为蛋白互作网络。 分析蛋白互作网络的目的是什么呢?主要有两点:一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作...
回到检索页,左侧选择第二栏Multiple proteins,输入多个目标蛋白继续SEARCH可以探索多个目标蛋白间的互作关系。 如下,得到了目标蛋白间的PPI网络。 点击网络图下方各个模块,可获得更多维度信息数据。点击Exports可导出网络图表或节点边线信息表格。支持导入Cytoscape绘制更个性化的互作网络图,详情可戳往期。
在新界面中,STRING数据库返回了给定基因对应的蛋白名称,有待进一步确认。默认情况下,直接点击“CONTINUE”继续即可。 确认基因和蛋白的对应关系 4、蛋白互作(PPI)网络获得 然后会在数据库中匹配给定蛋白的相互作用关系,很快即可得到PPI网络了。 网络图中,节点代表各蛋白,节点标签为这些蛋白的名称。节点中的图案代表了该...
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件) 3.1万 42 13:26 App 8.1 Cytoscape构建药物-成分-靶点基因网络(Network文件、Tape文件编写及其安装介绍) 2.2万 3 8:20 App 如何使用Cytoscape做一个精美的ppi网络图(版本3.7.1) 1.2万 8 11:03 App 4.2 HERB数据主要成分...