StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件,StringTie 可以看做是cufflinks软件的升级版本,其功能和Cufflinks是一样的,包括下面两个主要功能:转录本组装和定量;相比Cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml。 1、Stringtie通过使用genome指导的组装的方法与...
StringTie是一款高效的RNA-Seq数据转录组组装和量化工具,以下是对其定量原理的详细解释: 一、StringTie简介 StringTie专注于从映射到参考基因组上的RNA-Seq读段中高效恢复转录本结构并估计表达量。它接收SAM、BAM或CRAM格式的对齐文件作为输入,并输出GTF格式的结果,其中包括组装出的转录本结构及其表达水平(以FPKM、TPM和...
RNA-seq 数据处理(一)HISAT2 序列比对 假定这一步得到的输出文件为 test_sort.bam,然后进一步下一步。 2. 命令行格式及命令选项 默认的命令行格式如下: stringtie [-o ] [other_options] <read_alignments.bam> 常用参数描述 -o # 后跟输出 gtf 文件名,可以指定完整目录,将输出 assembled 转录本; -G #...
StringTie是一种基于位点拼接的RNA-Seq转录组组装工具。它可以将原始的测序数据转换成基因转录本的表达矩阵,并用于发现新的转录本、鉴定不同表达和可变剪接事件。 为什么要使用StringTie? 在进行转录组组装和表达定量分析时,我们需要将测序数据转化为基因的表达矩阵。而StringTie通过优化对间接测量基因表达的转录本组装和表...
StringTie 是一个强大的RNA-Seq分析工具,用于估计基因表达水平和发现新的融合基因。它支持多种数据格式,包括SAM,BAM和GTF文件,使你能够轻松地处理各种数据。 为什么选择StringTie? 准确性:StringTie采用了先进的统计方法,可提供准确的基因表达水平估计。 适用性:无论你是处理小鼠、人类还是其他生物体的RNA-Seq数据,Strin...
1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对,相较于STAR、Tophat,该软件比对速度快,占用内存少。 2. StringTie(ccb.jhu.edu/software/st)能够应用流神经网络算法和可选的de novo组装进行转录本组装并预计表达水平。与Cufflinks等程序相比,Stri...
StringTie是一款用于组装和分析RNA-seq数据的软件,它可以组装基因和转录本,并估计每个转录本的表达量。以下是StringTie的使用方法: 1.安装:首先需要安装StringTie软件,可以从其官方网站下载源代码编译安装,也可以使用包管理器安装。 2.准备数据:StringTie需要输入bam格式的基因组位置排序的RNA-seq数据,可以使用samtools等工...
按:RNA-seq 流程非常多样化,每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值,DESeq2 分析差异基因。这里把我方法跟大家共享。一来给新手一个指引,如果你毫无相关经验可以照着我这个出结果;二来抛砖引玉,如果你有相关经验欢迎一起交流进步。
StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件,StringTie 可以看做是cufflinks软件的升级版本,其功能和Cufflinks是一样的,包括下面两个主要功能:转录本组装和定量;相比Cuffinks, 其运行速度更快。 该软件的官网:https://ccb./software/stringtie/index.shtml。
全面性:StringTie将RNA-Seq拼接信息与基因组信息相结合,从而产生综合的转录组注释,涵盖已知和新的转录本。 准确性:StringTie的算法经过优化,可以准确地组装和注释转录本,最大限度地减少假阳性和假阴性。 灵活性:StringTie可用于注释各种RNA-Seq数据集,包括单端和双端测序,并支持不同物种和转录组大小。 高通量:StringTi...