stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个文件中,最终...
4、merge的数据再一次被呈递给StringTie,StringTie可以利用merge的数据重新估算转录本的丰度,还能额外的提供转录本reads数量的数据给下一步的ballgown。 5、Ballgown从上一步获得所有转录本及其丰度,根据实验条件进行分类统计。 2.1 hisat2比对: # 建立index, 必须选项是基因组所在文件路径和输出的前缀,其实hisat2-...
stringtie--merge \-o assembly.gtf \-p20\-Ghg19.gtf \ sampleA.gtf sampleB.gtf 在合并的非冗余转录本中,采用MSTRG加数字编号对基因和转录本进行编号,示例如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 gene_id"MSTRG.2"transcript_id"MSTRG.2.2" 本质上,stringTie只提供了转录本水平的表达量,...
stringtie merge输出了有reads覆盖的转录本(外显子) 无reads覆盖的时候merge gtf应该与参考的gtf一致 无reads覆盖的时候merge gtf应该与参考的gtf一致 结论:使用IGV查看两个gtf的区别,大部分(约80%到90%)都是相同的,stringtie merge的结果相较于cuffmerge会准确一些。 四、cuffmerge 结果gtf与stringtie merge结果gtf格...
--merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本集,并被用于新的差异分析流程。 如果提供了-G选项(参考注释),StringTie将把输入的GTF文件中的转录物与参考转录物组合起来。而在这种模式下可以使用以下附加选项。
--merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本集,并被用于新的差异分析流程。 如果提供了-G选项(参考注释),StringTie将把输入的GTF文件中的转录物与参考转录物组合起来。而在这种模式下可以使用以下附加选项。
--merge 转录本合并模式。 在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。 如果提供了-G选项(参考注释基因组文件),则StringTie将从输入的GTF文件中将参考转录本...
stringtie --merge \ -o assembly.gtf \ -p 20 \ -G hg19.gtf \ sampleA.gtf sampleB.gtf 1. 2. 3. 4. 5. 在合并的非冗余转录本中,采用MSTRG加数字编号对基因和转录本进行编号,示例如下 AI检测代码解析 gene_id "MSTRG.2" ...
stringtie --merge -F 0 -T 0 -G 02_Geneome_index/ITAG4.1_gene_models.gtf -o 04_Result/Stringtie/gffcompare/stringtie_merged.gtf 04_Result/Stringtie/mergelist.txt ## gffcomapre注释 gffcompare -r 02_Geneome_index/ITAG4.1_gene_models.gtf -G -o 04_Result/Stringtie/gffcompare/merged 04_Resu...
需要先将单个样品得到的gtf放到一个mergelist.txt文件里面,然后使用--merge参数即可,也可以设置-m,-c,-F,-T以及-f等参数对组装后的转录本在merge时进行过滤,同时也可以加入-G 参数输入参考的gtf注释文件 stringtie--merge-p20-o stringtie_merged.gtfmergelist.txt ...