stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个文件中,最终...
stringtie--merge \-o assembly.gtf \-p20\-Ghg19.gtf \ sampleA.gtf sampleB.gtf 在合并的非冗余转录本中,采用MSTRG加数字编号对基因和转录本进行编号,示例如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 gene_id"MSTRG.2"transcript_id"MSTRG.2.2" 本质上,stringTie只提供了转录本水平的表达量,...
4、merge的数据再一次被呈递给StringTie,StringTie可以利用merge的数据重新估算转录本的丰度,还能额外的提供转录本reads数量的数据给下一步的ballgown。 5、Ballgown从上一步获得所有转录本及其丰度,根据实验条件进行分类统计。 2.1 hisat2比对: # 建立index, 必须选项是基因组所在文件路径和输出的前缀,其实hisat2-...
mergelist.txt:包含上一步的sample_out.gtf列表。需要预先将要整合的GTF文件的文件名录入到mergelist.txt文件中,每行包含一个gtf路径。 -m <min_len >:要包含在merge中的最小输入transcript length (默认值50) -c <min_cov >:要包含在merge中的最小输入transcript coverage (默认值0) -F <min_fpkm >:要...
--merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本集,并被用于新的差异分析流程。 如果提供了-G选项(参考注释),StringTie将把输入的GTF文件中的转录物与参考转录物组合起来。而在这种模式下可以使用以下附加选项。
cuffmerge ERP 计算的FPKM结果中 有51213个基因;stringtie 的merge ballgown计算的FPKM有56427个基因; 共有的基因为18779个基因,cuffmerge特有32414个基因,stringtie merge特有37629个基因,共有基因数目少的原因是,新基因不同软件命名方式不一样。 3.2 使用IGV查看差异部分 ...
第四步:Merge transcripts from all samples: warning: 此处的mergelist.txt是自己创建的,需要包含之前output.gtf文件的路径 10samples和16samples中有重复的,所以去掉重复,合并到一个文件夹中,新文件夹有20个samples stringtie --merge -p 12 -G gencode.v31.annotation.gtf -o 20samples_merged.gtf mergelist-...
--merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本集,并被用于新的差异分析流程。 如果提供了-G选项(参考注释),StringTie将把输入的GTF文件中的转录物与参考转录物组合起来。而在这种模式下可以使用以下附加选项。
--merge 转录本合并模式。 在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。 如果提供了-G选项(参考注释基因组文件),则StringTie将从输入的GTF文件中将参考转录本...
--merge 转录本合并模式。 在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。 如果提供了-G选项(参考注释基因组文件),则StringTie将从输入的GTF文件中将参考转录本...