这个选项是可选的,但建议使用,因为StringTie可以利用一些比对/连接质量数据(连接周围的错配),在CRAM文件的情况下,如果同时提供参考基因组序列,可以更准确地评估。 --merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本...
taskId=5743f3d17882a7d889085d1d 三、结果比较 3.1 数量统计 cuffmerge ERP 计算的FPKM结果中 有51213个基因;stringtie 的merge ballgown计算的FPKM有56427个基因; 共有的基因为18779个基因,cuffmerge特有32414个基因,stringtie merge特有37629个基因,共有基因数目少的原因是,新基因不同软件命名方式不一样。 3....
需要先将单个样品得到的gtf放到一个mergelist.txt文件里面,然后使用--merge参数即可,也可以设置-m,-c,-F,-T以及-f等参数对组装后的转录本在merge时进行过滤,同时也可以加入-G 参数输入参考的gtf注释文件 stringtie--merge-p20-o stringtie_merged.gtfmergelist.txt <wiz_tmp_tag id="wiz-table-range-border"...
3) 利用merge得到的gtf重新对各个样本做定量 注意这里一定要设置-e参数! 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ls/home/data/lihe/lncRNA_project/04.mapping/*.bam > 1 ls /home/data/lihe/lncRNA_project/04.mapping/*.bam | cut -d "/" -f 7 | cut -d "_" -f 1 | cut -d...
stringtie --merge -F 0 -T 0 -G 02_Geneome_index/ITAG4.1_gene_models.gtf -o 04_Result/Stringtie/gffcompare/stringtie_merged.gtf 04_Result/Stringtie/mergelist.txt ## gffcomapre注释 gffcompare -r 02_Geneome_index/ITAG4.1_gene_models.gtf -G -o 04_Result/Stringtie/gffcompare/merged 04_Resu...
We read every piece of feedback, and take your input very seriously. Include my email address so I can be contacted Cancel Submit feedback Saved searches Use saved searches to filter your results more quickly Cancel Create saved search Sign in Sign up Reseting focus {...
sample_name=`echo $i| awk -F "." '{print $1}'` date && time stringtie -p 60 -G reference.gff3 -o $sample_name.gtf $i -A $sample_name.gene.adundance -C $sample_name.fullycovered done #merging assemblies date && time stringtie --merge -p 60 -G reference.gff3 -o stringtie-...
transcript TPM to include in the merge (default: 1.0) -f <min_iso> minimum...
stringtie --merge -p 4 (-m 40 -F 0.4 -T 0.4) -G genome.gtf -o merge.gtf mergelist.txt -G <guide_gff>:reference annotation to include in the merging (GTF/GFF3)。如果提供了-G选项(参考注释),StringTie将把来自输入GTF文件的transfrags与参考转录组合在一起。
StringTie(http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/)能够应⽤流神经⽹络算法和可选的de novo组装进 ⾏转录本组装并预计表达⽔平。与Cufflinks等程序相⽐，StringTie实现了更完整、更准确的基 因重建，并更好地预测了表达⽔平。Ballgown (https://github.com/alyssafrazee/ballgown)是R语⾔中基因差异...