GFF文件是一种用tab作为间隔的文件,包含了基因组中基因的位置、属性、转录本、外显子和内含子 merge的操作请看图,这样就可以避免漏掉某些外显子(因为组装不完整) merge后由于数目发生了变化,StringTie会对merge后的数据再进行一次丰度估计 3、使用Ballgown进行差异表达分析 探索性分析、可视化和统计建模 该软件可以得到三种
stringtie -p 6 -G sheep.gtf -o 1C.gtf 1C.sorted.bam stringtie --merge -p 6 -G sheep.gtf -o black_stringtie_merged.gtf mergelist.txt stringtie -e -B -p 6 -G black_stringtie_merged.gtf -o sec_gtf/sample_1C/str_1C.gtf 1C.sorted.bam 第二种情况: #不经过融合多个样本的结果这...
$ stringtie --merge -p 4 -G /media/sf_/data/ref/Arabidopis_thaliana.gtf -o merge.gtf ./mergelist.txt #这一步是用--merge指令将所有转录本合并输出到merge.gtf文件中 我们最后得到的merge.gtf就是全局的转录本。这里只是记录一下这步操作,我们只关注参考基因组的注释结果就不需要merge。 3 获得定量...
$ stringtie --merge -p 4 -G /media/sf_/data/ref/Arabidopis_thaliana.gtf -o merge.gtf ./mergelist.txt #这一步是用--merge指令将所有转录本合并输出到merge.gtf文件中 我们最后得到的merge.gtf就是全局的转录本。这里只是记录一下这步操作,我们只关注参考基因组的注释结果就不需要merge。 3 获得定量...
stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个文件中,最终...