一文读懂转录组定量分析工具 StringTie 在生物信息学的世界里,转录组定量分析是探索基因表达奥秘的关键钥匙。昨天我们学习了RSEM,今天我们接着学习另一款基于比对的转录组定量分析工具——StringTie。 StringTie是由约翰霍普金斯大学Steven L. Salzberg教授领导的团队开发的,用于组装和量化RNA-Seq数据的分析工具。自2015年首次...
#rule all: # input: # expand("output.gtf/"+"{srr}.gtf",srr=SRR), rule gtflist: input: gtffiles = expand("output.gtf/"+"{srr}.gtf",srr=SRR) output: output_txt = "MergedList.txt" run: with open(output.output_txt,'w') as f: for gtf in input.gtffiles: print(gtf,file=f)...
我们需要用到samtools,如果没有的话,需要先安装: 使用的时候记得激活一下环境。 我们先了解一下获得的sam数据,使用代码查看文件: 接下来等待结果即可! 格式转化成功后就可以进行下一步分析了! 小果今天就分享到这里,下期不见不散! 欢迎使用:云生信 - 学生物信息学 (biocloudservice.com) 想用服务器私信小果哦 ...
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在安装StringTie之前,首先需要确认你的操作系统环境是Linux、Mac还是Windows。由于StringTie主要基于命令行运行,因此在Windows上可能需要借助Cygwin或WSL(Windows Subsystem for Linux)等工具来模拟Linux环境。不过,以下安装步骤主要针对Linux和Mac环境进行说明。 二、下载最新版本的StringTie软件包 你可以通过以下两种方式下载最新...
Have you followed the guidelines for contributing? Have you checked that there aren't other open pull requests for the same formula update/change? Have you built your formula locally with HOMEBRE...
知乎,中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台,于 2011 年 1 月正式上线,以「让人们更好的分享知识、经验和见解,找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭借认真、专业、友善的社区氛围、独特的产品机制以及结构化和易获得的优质内容,聚集了中文互联网科技、
StringTie是一种基于位点拼接的RNA-Seq转录组组装工具。它可以将原始的测序数据转换成基因转录本的表达矩阵,并用于发现新的转录本、鉴定不同表达和可变剪接事件。 为什么要使用StringTie? 在进行转录组组装和表达定量分析时,我们需要将测序数据转化为基因的表达矩阵。而StringTie通过优化对间接测量基因表达的转录本组装和表...
StringTie是一款用于组装和分析RNA-seq数据的软件,它可以组装基因和转录本,并估计每个转录本的表达量。以下是StringTie的使用方法: 1.安装:首先需要安装StringTie软件,可以从其官方网站下载源代码编译安装,也可以使用包管理器安装。 2.准备数据:StringTie需要输入bam格式的基因组位置排序的RNA-seq数据,可以使用samtools等工...
StringTie的基因表达量化过程基于转录本组装的结果。它通过计算每个转录本的覆盖度(coverage)来估计其表达水平。具体步骤如下: 转录本覆盖度计算:根据映射到每个转录本上的reads数量,计算其覆盖度。 表达水平估计:将覆盖度标准化为FPKM或TPM,以消除测序深度和转录本长度的影响。