stringtie--merge-p8-G/data/mouse_annotation/gencode.mouse.annotation.gtf-o cleandata/stringtiedata/stringtie_merged.gtf cleandata/stringtiedata/merglist.txt 3. 使用gffcompare检验数据比对到基因组上的情况(可选) 程序gffcompare可用于比较、合并、注释和估计一个或多个GFF文件(“查询”文件)的准确性。 代码...
stringtie --merge -G Oryza_sativa.IRGSP-1.0.gtf -F 0.1 -T 0.1 -i -o StringTie_merged.gtf mergelist.txt 2.3.3 gffcompare——与已知的转录本注释文件进行比较 比较不同样本的转录本定量信息需要先将转录本信息储存为相同的格式,一般组装软件的输出结果都是gtf或gff。由于在组装的过程中产生了大量的新的...
1、 GTF文件: 记录组装的转录本信息 2、 Tab文件: 记录基因丰度信息 3、 GTF文件:完全覆盖与参考注释基因组文件所匹配的转录本信息 4、 *.ctab文件:用于下游Ballgown软件做差异表达分析的输入文件 5、 GTF文件:在合并模式下,生成一个合并的GTF文件 GTF文件:记录组装的转录本信息 seqname: 染色体,contig, 或 s...
1、 GTF文件: 记录组装的转录本信息 2、 Tab文件: 记录基因丰度信息 3、 GTF文件:完全覆盖与参考注释基因组文件所匹配的转录本信息 4、 *.ctab文件:用于下游Ballgown软件做差异表达分析的输入文件 5、 GTF文件:在合并模式下,生成一个合并的GTF文件 GTF文件:记录组装的转录本信息 seqname: 染色体,contig, 或 s...
stringtie --merge [书籍1_1.gtf] [书籍2_1.gtf] -o [merged.gtf] 表达量的估计 StringTie可以定量已知和新发现的基因/转录本的表达量。表达量计算可以选择FPKM/TPM等指标。 stringtie -eB -G [reference.gtf] -o [expression.tab] 差异表达和下游分析 StringTie直接支持差异表达分析。也可以输出矩阵文件进行...
Reads that are mapped closer thanthisdistance are merged togetherinthe same processing bundle.Default:50(bp)-B# 应用该选项,则会输出Ballgown输入表文件(*.ctab),其中包含用-G选项给出的参考转录本的覆盖率数据。(有关这些文件的说明,请参阅Ballgown文档。)...
Reads that are mapped closer than this distance are merged together in the same processing bundle. Default: 50 (bp) -B# 应用该选项,则会输出Ballgown输入表文件(* .ctab),其中包含用-G选项给出的参考转录本的覆盖率数据。(有关这些文件的说明,请参阅Ballgown文档。)...
The following additional options can be used in this mode:-G <guide_gff>reference annotation to include in the merging (GTF/GFF3)-o <out_gtf>output file name for the merged transcripts GTF (default: stdout)-m <min_len>minimum input transcript length to include in the merge (default: 50...
$stringtie--merge -p 8 -G ./genes/chrX.gtf -o stringtie_merged.gtf./mergelist.txt 参数--merge为转录本合并模式。 在合并模式下,stringtie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、...
rule gtflist: input: gtffiles = expand("output.gtf/"+"{srr}.gtf",srr=SRR) output: output_txt = "MergedList.txt" run: with open(output.output_txt,'w') as f: for gtf in input.gtffiles: print(gtf,file=f) 2. 3. 4. 5. ...