but without any numeric results on coverage, FPKM, and TPM. Then, with this merged GTF, StringTie can re-estimate abundances by running it again with the -e option on the original set of alignment files, as illustrated in the figure below.可借助-G的...
stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个文件中,最终...
可以用-G选项向StringTie提供GTF或GFF3格式的参考注释文件,它可以作为组装过程的 "指南",并帮助改善这些转录本的结构恢复(强烈建议使用)。而因为有参考基因组,那么不在原基因组中的文转录本就将被视为新转录本。 表达估计模式(-e) 当使用-e选项时,参考注释文件-G是一个必要的输入,StringTie不会尝试组装输入的读...
#if defined(_GTHREADS_WIN32_) void GConditionVar::_wait() { // Wait for either event to become signaled due to notify_one() or // notify_all() being called int result = WaitForMultipleObjects(2, mEvents, FALSE, INFINITE); // Check if we are the last waiter EnterCriticalSection(&...
-e # 限制reads比对的处理,仅估计和输出与用-G选项给出的参考转录本匹配的组装转录本。使用该选项,则会跳过处理与参考转录本不匹配的组装转录本,这将大大的提升了处理速度。--merge #转录本合并模式。在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。
stringtie -eB -G [reference.gtf] -o [expression.tab] 差异表达和下游分析 StringTie直接支持差异表达分析。也可以输出矩阵文件进行GO/KEGG等后续分析。 stringtie -B -e -G [reference.gtf] -A [matrix.tab] -o [expr.gtf] StringTie的进阶应用 除了基本的基因表达估计,StringTie还可以用于: 融合基因检测...
对于模式⽣物，如human, mouse等，通常只需要对已知的转录本定量即可，⽤法如下stringtie -p 10 -G hg19.gtf -o output.gtf -b ballgown_out_dir -e align.sorted.bam -G参数指定参考基因组的gtf⽂件，-o指定输出的⽂件，格式也为gtf, -b指定ballgown的输出结果⽬录，这个参数是为了⽅便下游...
stringtie ${id}.sort.bam -p 16 -G /disk/zhanglu/smart-seq/ref/Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.104.chr.gtf -e -B -o ${id}.gtf done -p 线程数,默认为1 -G 使用注释好的gtf文件辅助组装,在-e未设置的条件下,输出中包括注释文件中的转录本和预测的新型转录本 ...
6.Pertea, M., Kim, D., Pertea, G. M., Leek, J. T., & Salzberg, S. L. (2016). Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown. Nature protocols, 11(9), . 7.Kovaka, S., Zimin, A. V., Pertea, G. M., Razaghi, R., Salzb...
Hi, I was trying to analyse my RNAseq data using the Nature Protocol (Pertea et al 2016). Now I've come across the following issue when trying to estimate transcript abundance (I'm using stringtie version 1.3.1c) stringtie -e -B -G merge...