but without any numeric results on coverage, FPKM, and TPM. Then, with this merged GTF, StringTie can re-estimate abundances by running it again with the -e option on the original set of alignment files, as illustrated in the figure below.可借助-G的...
stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个文件中,最终...
可以用-G选项向StringTie提供GTF或GFF3格式的参考注释文件,它可以作为组装过程的 "指南",并帮助改善这些转录本的结构恢复(强烈建议使用)。而因为有参考基因组,那么不在原基因组中的文转录本就将被视为新转录本。 表达估计模式(-e) 当使用-e选项时,参考注释文件-G是一个必要的输入,StringTie不会尝试组装输入的读...
6.Pertea, M., Kim, D., Pertea, G. M., Leek, J. T., & Salzberg, S. L. (2016). Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown. Nature protocols, 11(9), . 7.Kovaka, S., Zimin, A. V., Pertea, G. M., Razaghi, R., Salzb...
--pen-canintronlen penalty for long introns (G,-8,1) with canonical splice sites --pen-noncanintronlen penalty for long introns (G,-8,1) with noncanonical splice sites --min-intronlen minimum intron length (20) --max-intronlen maximum intron length (500000) ...
-e # 限制reads比对的处理,仅估计和输出与用-G选项给出的参考转录本匹配的组装转录本。使用该选项,则会跳过处理与参考转录本不匹配的组装转录本,这将大大的提升了处理速度。--merge #转录本合并模式。在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。
stringtie -eB -G [reference.gtf] -o [expression.tab] 差异表达和下游分析 StringTie直接支持差异表达分析。也可以输出矩阵文件进行GO/KEGG等后续分析。 stringtie -B -e -G [reference.gtf] -A [matrix.tab] -o [expr.gtf] StringTie的进阶应用 除了基本的基因表达估计,StringTie还可以用于: 融合基因检测...
hisat2-build Ghirsutum_527_v2.0.fa genome 1 双端PE ref=Ghirsutum_527_v2.0.fa gff=Ghirsutum_527_v2.1.gene.gff3 index=genome label=Ghir out=SRR5178068 fq1="SRR5178068.sra_clean_1.fastq,SRR5186513.sra_clean_1.fastq" fq2="SRR5178068.sra_clean_2.fastq,SRR5186513.sra_clean_2.fastq"...
-G <ref_ann.gff> # 使用参考注释基因文件指导组装过程,格式GTF/GFF3 -l # 将设置为输出转录本名称的前缀。默认:STRG -A <gene_abund.tab> # 输出基因丰度的文件(制表符分隔格式) -C <cov_refs.gtf> # 输出所有转录本对应的reads覆盖度的文件,此处的转录本是指参考注释基因文件中提供的转录本(需要...
如果StringTie与 -C <cov_refs.gtf> 选项一起运行（需要选项-G 如果StringTie与 -B 选项一起运行，它将返回Ballgown输入文件，包含以下文件：(1) e2t.ctab, (2) e_data.ctab, (3) i2t.ctab, (4) i_data.ctab, and (5) t_data.ctab。如果StringTie使用 --merge 选项运行，它将多个...