stringtie安装 文心快码BaiduComate StringTie是一款高效的转录组装和RNA-Seq数据定量工具,以下是关于如何在不同操作系统上安装StringTie的详细步骤: 一、确认操作系统环境 在安装StringTie之前,首先需要确认你的操作系统环境是Linux、Mac还是Windows。由于StringTie主要基于命令行运行,因此在Windows上可能需要借助Cygwin或WSL(...
001、conda直接安装 conda install -c bioconda stringtie 002、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin#./stringtie --help |headStringTie v2.1.7usage: stringtie<in.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <prefix>] [-o <out.gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <m...
https://github.com/gpertea/gffread 一、安装 cd~/biosoft gitclonehttps://github.com/gpertea/stringtiecdstringtie make release 二、测试 Test 1: Input consists of only alignments of short reads stringtie -o short_reads.out.gtf short_reads.bam Test 2: Input consists of alignments of short reads...
yum install-y zlib zlib-devel 2.获取源码 获取“stringtie-1.3.6”源码包。 cd/usr/local/ wget https://github.com/gpertea/stringtie/archive/v1.3.6.tar.gz 3.编译和安装 1)解压并进入源码包。 cd/usr/local/ tar-zxvf v1.3.6.tar.gz&&cd stringtie-1.3.6 2)编译stringtie。 make-j4 release 4...
1.安装:首先需要安装StringTie软件,可以从其官方网站下载源代码编译安装,也可以使用包管理器安装。 2.准备数据:StringTie需要输入bam格式的基因组位置排序的RNA-seq数据,可以使用samtools等工具将其他格式的数据转换为bam格式。同时需要提供一个参考基因组序列文件。 3.运行:使用StringTie命令行工具运行程序,基本用法为“s...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install stringtie 二、输入文件介绍 代码语言:javascript 复制 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来运行HISAT2,否则结果将会受到影响。
一、软件安装 使用conda安装 conda install stringtie 二、输入文件介绍 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来运行HISAT2,否则结果将会受到影响。 作为选项,可以向StringTie提供GTF / GFF3格式的参考注释基因组文件。在这...
安装软件 HISAT2:将reads比对到基因组上 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip echo'export PATH=/home/yt/biotools/hisat2-2.1.0/bin:$PATH'>>~/.bashrc ...
docker-alpine 安装Miniconda 解决的问题 安装Glibc 安装Miniconda 解决的问题 conda是非常好的一款软件管理工具,用它管理安装各种软件非常的方便,比如二代测序的转录本组装软件stringtie,由于我们用的基础镜像为alpine,在安装stringt过程中出现很多问题,一直解决不了。出现以下报错,一直编译不过去。
一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip echo'export PATH=~/RNA-Seqruanjian/hisat2-2.1.0/bin:$PATH'>>~/.bashrc ...