001、conda直接安装 conda install -c bioconda stringtie 002、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin#./stringtie --help |headStringTie v2.1.7usage: stringtie<in.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <prefix>] [-o <out.gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <m...
1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件,操作简单、便捷。 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ conda软件的下载,可下载miniconda或Anaconda。 2.miniconda(下载对应的版本) 3.Anaconda(下载对应的版本) 4. 软件的安装 5. 添加常用镜像 若是不能使用,可以自己百度一下进行搜索即可。 ##Conda常使用...
如果你使用的是conda环境管理器,你也可以通过conda来安装StringTie,这通常可以简化安装过程并自动处理依赖项。你可以使用以下命令来通过conda安装StringTie: bash conda install -c bioconda stringtie 在使用StringTie之前,请确保你的RNA-Seq数据已经过适当的预处理,并且已经对齐到参考基因组上。StringTie的输入通常是按坐...
安装stringtie miniconda安装成功后,其他的软件就水到渠成,安装命令如下: RUNconda config--addchannels rRUNconda config--addchannels defaultsRUNconda config--addchannels conda-forgeRUNconda config--addchannels biocondaRUNconda install-y samtools=1.8RUNconda install-y zstdRUNconda install-y stringtie=1.3.5...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install stringtie 二、输入文件介绍 代码语言:javascript 复制 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来运行HISAT2,否则结果将会受到影响。
我用conda安装的stringtie,现在只能在base环境中运行,不在base环境中就显示not find 2021-01-10 回复喜欢展开其他 2 条回复 查看被折叠评论 推荐阅读 单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结 (*AIPuFu-免费大型综合生物信息学资源和工具平台:http://www.aipufu.com*) 可变剪...
一、软件安装 使用conda安装 conda install stringtie 二、输入文件介绍 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来运行HISAT2,否则结果将会受到影响。 作为选项,可以向StringTie提供GTF / GFF3格式的参考注释基因组文件。在这...
一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...
今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。 二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件,操作简单、便捷。
hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: conda activate conda create -n hisat2 conda activate hisat2 conda install hisat2 conda activate conda create -n stringtie conda activate stringtie conda install stringtie ...