001、conda直接安装 conda install -c bioconda stringtie 002、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin#./stringtie --help |headStringTie v2.1.7usage: stringtie<in.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <prefix>] [-o <out.gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <m...
如果StringTie已正确安装并配置到环境变量中,你将看到StringTie的使用说明和选项列表。 额外提示 如果你使用的是conda环境管理器,你也可以通过conda来安装StringTie,这通常可以简化安装过程并自动处理依赖项。你可以使用以下命令来通过conda安装StringTie: bash conda install -c bioconda stringtie 在使用StringTie之前,请确...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda install stringtie 二、输入文件介绍 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来...
1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件,操作简单、便捷。 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ conda软件的下载,可下载miniconda或Anaconda。 2.miniconda(下载对应的版本) 3.Anaconda(下载对应的版本) 4. 软件的安装 5. 添加常用镜像 若是不能使用,可以自己百度一下进行搜索即可。 ##Conda常使用...
一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...
前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合,感觉还是蛮好用的,deseq2的功能颇多,hisat2+stringtie的处理速度又快,是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。 hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ...
conda install -c hcc aspera-cli -y ###安装samtools conda install -c bioconda samtools openssl=1.0 -y ###安装sratoolkit hisat2 stringtie conda install -c bioconda sra-tools hisat2 stringtie -y ###下载trimmomatic并解压 wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimm...
慢，所以选择axel，终端中输⼊安装命令：$sudo yum install axel 然后提⽰输⼊密码获得root权限后即可⾃动安装，安装完成后，输⼊命令axel，终端会显⽰如下 内容，表⽰安装成功。Axel⼯具常⽤参数有：axel ［选项］［下载⽬录］［下载地址］-s ：指定每秒下载最⼤⽐特数 -n：指定同时打开的...
conda是非常好的一款软件管理工具,用它管理安装各种软件非常的方便,比如二代测序的转录本组装软件stringtie,由于我们用的基础镜像为alpine,在安装stringt过程中出现很多问题,一直解决不了。出现以下报错,一直编译不过去。 cc1plus: warning: unrecognized command line option '-Wno-implicit-fallthroug ...
今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。 二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件,操作简单、便捷。