--merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本集,并被用于新的差异分析流程。 如果提供了-G选项(参考注释),StringTie将把输入的GTF文件中的转录物与参考转录物组合起来。而在这种模式下可以使用以下附加选项。
--merge 转录本合并模式。 在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。 如果提供了-G选项(参考注释基因组文件),则StringTie将从输入的GTF文件中将参考转录本...
如果多个转录组测序结果进行整合需要进行stringtie的整合--merge最后利用gffread整合gtf与基因组序列,获得转录组:gffread -w spliec_excon.fa -W -g genomic.fa xxx.gtf详细参数如下:Run stringtie from the command line like this:stringtie <aligned_reads.bam> [options]*...
--merge #转录本合并模式。在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。如果提供了-G选项(参考注释基因组文件),则StringTie将从输入的GTF文件中将参考转录本...
$ stringtie --merge -p 8 -G genome.gtf -o stringtie_merged.gtf mergelist.txt 6. 新转录本的注释(lncRNA必备,普通转录组忽略) gffcompare –r genomegtf –G –o merged stringtie_merged.gtf 备注:gffcompare 是独立软件,下载地址http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml,结果如下; ...
stringtie --merge [书籍1_1.gtf] [书籍2_1.gtf] -o [merged.gtf] 表达量的估计 StringTie可以定量已知和新发现的基因/转录本的表达量。表达量计算可以选择FPKM/TPM等指标。 stringtie -eB -G [reference.gtf] -o [expression.tab] 差异表达和下游分析 StringTie直接支持差异表达分析。也可以输出矩阵文件进行...
如果StringTie与 -C <cov_refs.gtf> 选项一起运行（需要选项-G 如果StringTie与 -B 选项一起运行，它将返回Ballgown输入文件，包含以下文件：(1) e2t.ctab, (2) e_data.ctab, (3) i2t.ctab, (4) i_data.ctab, and (5) t_data.ctab。如果StringTie使用 --merge 选项运行，它将多个...
stringtie-p8-lEE3-Greference/TAIR10_GFF3_genes.gtf-o athaliana_EE_Rep3/transcripts.gtf EE_Rep3.sorted.bam ls-l athaliana_*/*.gtf | awk '{print $9}' > sample_assembly_gtf_list.txt stringtie --merge -p 8 -o stringtie_merged.gtf -G reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf sample_assembly...
对于模式⽣物，如human, mouse等，通常只需要对已知的转录本定量即可，⽤法如下stringtie -p 10 -G hg19.gtf -o output.gtf -b ballgown_out_dir -e align.sorted.bam -G参数指定参考基因组的gtf⽂件，-o指定输出的⽂件，格式也为gtf, -b指定ballgown的输出结果⽬录，这个参数是为了⽅便下游...
date && time stringtie -p 60 -G reference.gff3 -o $sample_name.gtf $i -A $sample_name.gene.adundance -C $sample_name.fullycovered done #merging assemblies date && time stringtie --merge -p 60 -G reference.gff3 -o stringtie-merged.gtf merge_list.txt ...