stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个
这个可以从GTF文件的class codes着手,该信息记录了每个转录本相对于已知转录本的位置信息。通过这个class_code 我们一般选在3种类型的转录本,分别是: i : 内含子区的转录本 u: 基因间区的新转录本 x: 已知外显子的反义链转录本 具体代码实现: #perl get_track.pl -gtf gffcmp.annotated.gtf -index rice ...
2.进行merge 之后的geneid问题 merge之后得到stringtie_merge.gtf,再用它作为参考注释文件进行转录本重新组装,为了后续方便输入DEseq2,利用官方的prepDE.py提取矩阵。得到两个矩阵。gene_count_matrix.csv,trancript_count_matrix.csv。这两个矩阵的gene_id和transcript_id有很多是stringtie内部根据新异构体命名如STRG....
gperteaself-assigned thisApr 28, 2017 gperteaadded theenhancementlabelApr 28, 2017 if any novel transcript is falling within the annotated gene region on the same strand, then it should be assigned to that, which is not the case with stringtie at the moment. See the attached example. ...
Hi: I am trying to analyse differential gene expression of zea mays with well annotated genome following the protocol described by Pertea et al., 2016 (doi:10.1038/nprot.2016.095). Now one issue is that one StringTie gene/loci (MSTRG.#) ...
stringtie --merge -p 8 -G <PATH.gtf> -o stringtie_merged.gtf mergelist.txt 2.1 可利用gffcompare软件与参照注释文件比较评估组装效果 gffcompare -R -r reference.gtf -o cuffcmp merged stringtie_merged.gtf 将会产生以下文件: strtcmp.annotated.gtf ...
新建目录expression,基于新合并的GTF计算表达量。 #! /bin/bash while read line do stringtie -e -B -p 8 -G ../assemble/merged_stringtie_merged.gtf.annotated.gtf -o ./${line}/${line}.gtf ../aligment/${line}.bam done < ../files/samples.txt ...
第三部分代码:只想对annotation.gtf中已知的转录本进行定量 #stringtie 这里只想得到参考的gtf中的转录本定量! ls -d SRR*|while read id;do stringtie -e -A $id/$id'_gene_abund.tab' -C $id/$id'_cov_refs.gtf' -B -p 10 -G $gtf -o $id/$id'.annotated.gtf' $id/$id'.sorted.bam'...