stringtie --merge [options] gtf.list :转录组merge模式,在该模式下,Stringtie可以利用输入的一个gtf list并将他们中的转录本进行非冗余的整理。可以在处理多个RNA-seq样本的时候,由于转录组存在时空特异性,可以将每个样本各自的转录组进行非冗余的整合,如果-G提供了参考gtf文件,可以将其一起整合到一个
AI代码解释 stringtie--merge \-o assembly.gtf \-p20\-Ghg19.gtf \ sampleA.gtf sampleB.gtf 在合并的非冗余转录本中,采用MSTRG加数字编号对基因和转录本进行编号,示例如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 gene_id"MSTRG.2"transcript_id"MSTRG.2.2" 本质上,stringTie只提供了转录本水平...
这个选项是可选的,但建议使用,因为StringTie可以利用一些比对/连接质量数据(连接周围的错配),在CRAM文件的情况下,如果同时提供参考基因组序列,可以更准确地评估。 --merge: 转录合并模式。与上述的组装使用模式不同,在合并模式下,StringTie将GTF/GFF文件的列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成一个非冗余的转录本...
这可以加快StringTie的组装分析的速度,特别是在排除线粒体基因组的情况下,在某些情况下,线粒体的基因可能具有非常高的覆盖率,但是它们对于特定的RNA-Seq分析可能不感兴趣的。 --merge 转录本合并模式。 在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这...
stringtie --merge -G Oryza_sativa.IRGSP-1.0.gtf -F 0.1 -T 0.1 -i -o StringTie_merged.gtf mergelist.txt 2.3.3 gffcompare——与已知的转录本注释文件进行比较 比较不同样本的转录本定量信息需要先将转录本信息储存为相同的格式,一般组装软件的输出结果都是gtf或gff。由于在组装的过程中产生了大量的新的...
--merge 转录本合并模式。 在合并模式下,StringTie将所有样品的GTF/GFF文件列表作为输入,并将这些转录本合并/组装成非冗余的转录本集合。这种模式被用于新的差异分析流程中,用以生成一个跨多个RNA-Seq样品的全局的、统一的转录本。 如果提供了-G选项(参考注释基因组文件),则StringTie将从输入的GTF文件中将参考转录本...
stringtie --merge -F 0 -T 0 -G 02_Geneome_index/ITAG4.1_gene_models.gtf -o 04_Result/Stringtie/gffcompare/stringtie_merged.gtf 04_Result/Stringtie/mergelist.txt ## gffcomapre注释 gffcompare -r 02_Geneome_index/ITAG4.1_gene_models.gtf -G -o 04_Result/Stringtie/gffcompare/merged 04_Resu...
stringtie --merge -p 8 -o stringtie_merged.gtf -G reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf sample_assembly_gtf_list.txt gffcompare -r reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf -o gffcompare stringtie_merged.gtf stringtie -e -B -p 4 wt_Rep1.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep1/a...
-B 选项一起运行，它将返回Ballgown输入文件，包含以下文件：(1) e2t.ctab, (2) e_data.ctab, (3) i2t.ctab, (4) i_data.ctab, and (5) t_data.ctab。如果StringTie使用 --merge 选项运行，它将多个GTF / GFF文件作为输入，并将这些转录本合并和组装成非冗余转录本集合。