StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件,StringTie 可以看做是cufflinks软件的升级版本,其功能和Cufflinks是一样的,包括下面两个主要功能:转录本组装和定量;相比Cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml。 1、Stringtie通过使用genome指导的组装的方法与...
string tie 美 英 na.(蝶形)领结 网络丝带领带;蝶形领结;链带 英汉 英英 网络释义 na. 1. (蝶形)领结
stringtie -p 4 -e(-B)(-A gene_abundance.out)-G merge.gtf -o sample.gtf sample.sorted.bam (4) prepDE.py 软件官网提供了一个Python脚本(prepd.py或prepDE.py3)来直接从StringTie生成的文件中提取reads计数信息(使用-e参数运行),以用于其他差异表达分析软件,如DESeq2和edgeR等。前期要进行到Ballgown...
StringTie是一款高效的RNA-Seq数据转录组组装和量化工具,以下是对其定量原理的详细解释: 一、StringTie简介 StringTie专注于从映射到参考基因组上的RNA-Seq读段中高效恢复转录本结构并估计表达量。它接收SAM、BAM或CRAM格式的对齐文件作为输入,并输出GTF格式的结果,其中包括组装出的转录本结构及其表达水平(以FPKM、TPM和...
1.转录组组装:StringTie通过对测序数据的拼接和组装,从而重构出转录本的结构和表达水平。 2.转录本定量:通过计算每个转录本的表达量,StringTie可以得到基因的表达矩阵。 3.转录本注释和发现:StringTie能够根据已有的转录本库,注释新发现的转录本,并探索可能存在的新转录本。 具体如何使用StringTie? 1.安装StringTie:首先...
StringTie 是一个强大的RNA-Seq分析工具,用于估计基因表达水平和发现新的融合基因。它支持多种数据格式,包括SAM,BAM和GTF文件,使你能够轻松地处理各种数据。 为什么选择StringTie? 准确性:StringTie采用了先进的统计方法,可提供准确的基因表达水平估计。 适用性:无论你是处理小鼠、人类还是其他生物体的RNA-Seq数据,Strin...
stringtie[-o][other_options]<read_alignments.bam>. <read_alignments.bam>:必须是一个SAM、BAM或CRAM文件,其中包含按基因组位置排序的RNA-Seq读数排列(HISAT2使用samtools分类和转换后的输出,如下文所述)。 -o: 主要的输出是一个GTF文件,其中包含由StringTie从读数排列数据中组装的转录本的结构定义。 stringtie...
StringTie是一款用于组装和分析RNA-seq数据的软件,它可以组装基因和转录本,并估计每个转录本的表达量。以下是StringTie的使用方法: 1.安装:首先需要安装StringTie软件,可以从其官方网站下载源代码编译安装,也可以使用包管理器安装。 2.准备数据:StringTie需要输入bam格式的基因组位置排序的RNA-seq数据,可以使用samtools等工...
STRINGTIE的应用 STRINGTIE广泛应用于各种研究领域,包括: 转录本发现:识别新转录本和变体转录本,增进我们对基因组复杂性的理解。 基因表达分析:量化不同基因和转录本的表达水平,揭示基因调控机制。 疾病研究:研究基因表达失调和疾病发生的关联,为疾病诊断和治疗提供靶点。 药物作用研究:评估药物对基因表达的影响,指导药物...
该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...