StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件,StringTie 可以看做是cufflinks软件的升级版本,其功能和Cufflinks是一样的,包括下面两个主要功能:转录本组装和定量;相比Cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml。 1、Stringtie通过使用genome指导的组装的方法与...
stringtie[-o]--mix[other_options]<short_read_alns.bam><long_read_alns.bam>stringtie<short_read_alns.bam><long_read_alns.bam>--mix[other_options][-o] 注意:如果使用了--mix选项,StringTie希望两个对齐文件作为位置参数,以特定的顺序给出:短读对齐文件必须是第一个给出的文件,而长读对齐文件必须是...
1.转录组组装:StringTie通过对测序数据的拼接和组装,从而重构出转录本的结构和表达水平。 2.转录本定量:通过计算每个转录本的表达量,StringTie可以得到基因的表达矩阵。 3.转录本注释和发现:StringTie能够根据已有的转录本库,注释新发现的转录本,并探索可能存在的新转录本。 具体如何使用StringTie? 1.安装StringTie:首先...
stringTie 可以看做是cufflinks 软件的升级版本,其功能和cufflinks是一样的 ,包括下面两个主要功能 转录本组装 定量 相比cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网如下 https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml stringTie的输入文件为经过排序之后的bam文件,常见用法有以下几种 1. 对已知转录本进行定量 对...
StringTie的基本用法:stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISAT2的输出文件则需经过samtools sort生成的bam文件才可当做输入文件。 其他可选参数: -h/--help 帮助信息
StringTie是一款用于组装和分析RNA-seq数据的软件,它可以组装基因和转录本,并估计每个转录本的表达量。以下是StringTie的使用方法: 1.安装:首先需要安装StringTie软件,可以从其官方网站下载源代码编译安装,也可以使用包管理器安装。 2.准备数据:StringTie需要输入bam格式的基因组位置排序的RNA-seq数据,可以使用samtools等工...
StringTie的基本用法:stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISAT2的输出文件则需经过samtools sort生成的bam文件才可当做输入文件。 其他可选参数: -h/--help 帮助信息
利用StringTie拼接转录本和定量(一) 尔云间 一个专门做科研的团队 欢迎点赞+收藏+关注 生信人R语言学习必备 立刻拥有一个Rstudio账号 开启升级模式吧 (56线程,256G内存,个人存储1T) 小果之前带大家进行了转录组参考序列的比对,结果也是很顺利地跑出来了,接下来该做什么呢?当然可以进行基因表达水平分析啦。
perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
STRINGTIE的应用 STRINGTIE广泛应用于各种研究领域,包括: 转录本发现:识别新转录本和变体转录本,增进我们对基因组复杂性的理解。 基因表达分析:量化不同基因和转录本的表达水平,揭示基因调控机制。 疾病研究:研究基因表达失调和疾病发生的关联,为疾病诊断和治疗提供靶点。 药物作用研究:评估药物对基因表达的影响,指导药物...