stringTie 可以看做是cufflinks 软件的升级版本,其功能和cufflinks是一样的 ,包括下面两个主要功能 转录本组装 定量 相比cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网如下 https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml stringTie的输入文件为经过排序之后的bam文件,常见用法有以下几种 1. 对已知转录本进行定量 对...
stringtie -p 8 -o test.gtf -B -e -A test.tab -G ref.gtf test_sort.bam 如果不需要寻找新的转录本,记得加 -e,否则可能会影响 reference 中转录本的统计。 3. 结果文件解读 首先看一下 -o 输出的组装的转录本 gtf 文件。 下图为文件的第 1 到 8 列: ...
前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合,感觉还是蛮好用的,deseq2的功能颇多,hisat2+stringtie的处理速度又快,是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。 hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ...
3.使用stringtie从sort.bam文件中提取gtf文件 03.stringtie.py ``` import os, sys #cwd = os.getcwd() #d=os.chdir("./") for f in ["SRR8002919.0_PE", "SRR8002920.0_PE","SRR8002921.0_PE","SRR8002926.0_PE","SRR8002928.0_PE","SRR8002929.0_PE","SRR8002942.0_PE","SRR8002943.0_PE","SRR...
StringTie主要是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量分析软件,包括下面两个主要功能:转录本组装和定量。 StringTie还有一个优势是运行速度很快,Stringtie通过使用基因组指导的组装的方法与从头组装的概念结合的方法来改善转录组组装。 现在转录组比较流行的数据分析流程:HISAT2 +StringTie+ Ballgown/edgeR/DEseq2 ...
转录本组装软件StringTie的使用说明 转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合。其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 其中StringTie 在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。
1 转录本组装 Stringtie是一个基因和转录本组装定量的软件,stringtie的输入文件有两个,一个是经过排序的bam文件,排序可以用前面说到的samtools sort命令完成,还有一个是参考基因组的注释文件(gff或gtf格式)。 在使用Stringtie进行基因或者转录本组装定量的过程中,有一个非常重要的参数 - e,我之前跑了一遍流程没有加...
转录本组装 定量 相比cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网如下 https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml stringTie的输入文件为经过排序之后的bam文件,常见用法有以下几种 1. 对已知转录本进行定量 对于模式生物,如human, mouse等,通常只需要对已知的转录本定量即可,用法如下 ...
1. 转录本组装 2. 定量 相⽐cuffinks, 其运⾏速度更快。该软件的官⽹如下 https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml stringTie的输⼊⽂件为经过排序之后的bam⽂件，常见⽤法有以下⼏种 1. 对已知转录本进⾏定量 对于模式⽣物，如human, mouse等，通常只需要对已知的转录本定量...
转录本组装 定量 相比cuffinks, 其运行速度更快。该软件的官网如下 https://ccb./software/stringtie/index.shtml stringTie的输入文件为经过排序之后的bam文件,常见用法有以下几种 1. 对已知转录本进行定量 对于模式生物,如human, mouse等,通常只需要对已知的转录本定量即可,用法如下 ...