使用conda安装stringtie的步骤如下: 打开终端或命令提示符: 确保你已经安装了conda,并可以访问终端或命令提示符。 输入conda安装命令,指定stringtie软件包: 在终端或命令提示符中输入以下命令来安装stringtie: bash conda install -c bioconda stringtie 这条命令会从bioconda这个conda频道安装stringtie。 执行安装命令,等待...
6. 创建生信环境 若是你担心自己base环境被破坏,那么就安装自己对于的小环境即可。 ##创建环境condacreate-nenv_namepython=x.x##删除环境condaremove-nenv_name-all##激活condaactivateenv_name##sourceactivateenv_name##关闭condadeactivate 查看环境中的软件 #查看指定环境下安装的package##查看指定环境下安装的p...
001、conda直接安装 conda install -c bioconda stringtie 002、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin#./stringtie --help |headStringTie v2.1.7usage: stringtie<in.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <prefix>] [-o <out.gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <m...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 conda install stringtie 二、输入文件介绍 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来...
使用conda安装 conda install stringtie 二、输入文件介绍 输入的文件必须是一个根据基因组位置排好序的BAM文件,可以是Tophat或Hisat2的输出文件,在通过samtools排序 注意:一定要使用-dta选项来运行HISAT2,否则结果将会受到影响。 作为选项,可以向StringTie提供GTF / GFF3格式的参考注释基因组文件。在这种情况下,String...
一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...
conda install -c hcc aspera-cli -y ###安装samtools conda install -c bioconda samtools openssl=1.0 -y ###安装sratoolkit hisat2 stringtie conda install -c bioconda sra-tools hisat2 stringtie -y ###下载trimmomatic并解压 wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimm...
我用conda安装的stringtie,现在只能在base环境中运行,不在base环境中就显示not find 2021-01-10 回复喜欢展开其他 2 条回复 查看被折叠评论 推荐阅读 单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结 (*AIPuFu-免费大型综合生物信息学资源和工具平台:http://www.aipufu.com*) 可变剪...
Fatal error: Exit code 1 () Traceback (most recent call last): File "/galaxy/main/deps/_conda/envs/__stringtie@1.3.3/bin/prepDE.py", line 186, in <module> t_dict.setdefault(t_id, {}) NameError: name 't_id' is not defined ...
$ condainstall stringtie $ condainstall samtools 三、分析流程 1、使用HISAT将读段匹配到参考基因组上,使用者可以提供注释文件,但HISAT依旧会检测注释文件没有列出来的剪切位点。 2、比对上的reads将会被呈递给StringTie进行转录本组装,StringTie单独的对每个样本进行组装,在组装的过程中顺带估算每个基因及isoform的表...