STRING数据库(https://cn.string-db.org/)是一款用于分析蛋白与蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)的常用公共数据库,是一个综合性的在线分析平台。该数据库不仅整合了部分实验验证的结果,亦包含部分经计算预测所得结果,在研究蛋白质功能,不同蛋白之间的相互作用及联系等方面具有重要价值。 Cytoscape是一款...
因此,在转录组和蛋白组学的研究领域,蛋白互作分析(Protein-Protein Interaction, PPI)显得尤为关键。它不仅揭示了蛋白质之间的直接联系,还描绘了它们在复杂生物网络中的角色。 STRING数据库在PPI分析领域已经成为不可或缺的强大工具。它通过网络图的形式,生动展现蛋白质之间的互动关系,让我们得以一窥细胞内错综复杂的调...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
PPI(Protein-protein interaction),蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质,连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物,通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性,进而挖掘核心的调控基因。2.STRING数据库 STRING数据库是蛋白质相互作用的数据库,覆盖物种多,蛋白数量多。数据...
昨天我们介绍了一些网络分析当中用到的一些基础的知识(相互作用网络分析基础)。对于基因组数据分析而言的话,我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, PPI)分析了。 蛋白相互作用分析的数据库有很多,至于为什么选择STRING,还是在于其强大的可视化,以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的...
蛋白互作网络,即Protein–protein interaction(PPI) network,是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂,每一个蛋白都是一个节点,多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构,故称之为蛋白互作网络。 分析蛋白互作网络的目的是什么呢?主要有两点:一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作...
PPI(Protein-protein interaction),蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质,连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物,通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性,进而挖掘核心的调控基因。 2. STRING数据库 STRIN...
实用工具丨基于STRING的蛋白质相互作用（PPI）分析 转录组分析的后续挖掘经常会提到构建互作网络，比如基因间的互作网络、不同基因集间的互作网络、蛋白质与基因的互作网络等等，但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据库的蛋白质互作网络分析更是十分常见...