因此,在转录组和蛋白组学的研究领域,蛋白互作分析(Protein-Protein Interaction, PPI)显得尤为关键。它不仅揭示了蛋白质之间的直接联系,还描绘了它们在复杂生物网络中的角色。 STRING数据库在PPI分析领域已经成为不可或缺的强大工具。它通过网络图的形式,生动展现蛋白质之间的互动关系,让我们得以一窥细胞内错综复杂的调...
对于基因组数据分析而言的话,我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, PPI)分析了。 蛋白相互作用分析的数据库有很多,至于为什么选择STRING,还是在于其强大的可视化,以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时,还可以得到相对好看的图。下面我们就来介绍一下STRING 数据库如何使用吧~...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
(1)首先,打开String网站,点击左侧的protein by name,然后在右侧输入蛋白ID(可以是uniprot蛋白ID也可以是基因名)和物种名,点击search即可; (2)然后(例如输入小鼠蛋白Znf706),则可得到与该蛋白有互作关系的相关蛋白信息,点击legend可得到目的蛋白与互作蛋白间的连接度信息; (3)点击PPI图上的彩色圆球可以得到蛋白的结...
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
STRING is among the most popular tools, providing both protein-protein interaction networks and functional enrichment analysis for any given set of identifiers. For complex experimental designs, manually retrieving, interpreting, analyzing and abridging functional enrichment results is a daunting task, ...
文章来自微信公众号/夏沫梦鸢 实验老司机 一、 简介STRING数据库( https://cn.string-db.org/)是一款用于分析蛋白与蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)的常用公共数据库,是一个综合性的在线分析…
蛋白互作网络,即Protein–protein interaction(PPI) network,是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂,每一个蛋白都是一个节点,多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构,故称之为蛋白互作网络。 分析蛋白互作网络的目的是什么呢?主要有两点:一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作...
STRING数据库(https://cn.string-db.org/)是一款用于分析蛋白与蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)的常用公共数据库,是一个综合性的在线分析平台。该数据库不仅整合了部分实验验证的结果,亦包含部分经计算预测所得结果,在研究蛋白质功能,不同蛋白之间的相互作用及联系等方面具有重要价值。
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。 一般会首先使用Sting数据库制作PPI网络。String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于五千...