是空间组学技术研究中最有力的技术之一,基于DNB纳米球(DNB)技术构建。这种方法允许以前所未有的(纳米级)分辨率对组织切片进行高通量转录组分析,其面积可扩展至厘米级,具有高灵敏度和同质捕获率。通过整合高通量转录组学、蛋白质组学和组织学染色数据,可以同时进行组织样本的转录组学和图像分析。 相对于动物和医学领域...
Stereo-seq是一种基于DNA纳米球(DNB)模式阵列的全基因组技术,它实现了500nm的分辨率,并同时达到了“纳米级分辨率”和“厘
Stereo-Seq是一种空间转录组技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式转录组技术,可以实现样本细胞级别的高分辨率空间转录组分析。Stereo-Seq通过空间芯片捕获组织中的mRNA,并通过时空条形码(CoordinateID,CID)还原回空间位置,实现组织原位测序,为深入地了解细胞的...
研究团队结合了DNA纳米球(DNB)芯片和原位RNA捕获技术开发了大视场纳米级分辨率时空组学技术(Stereo-seq)。 该技术首先将含有随机条形码序列的DNB沉积到经光刻蚀刻的经修饰的芯片上(步骤一)。与基于珠子的方法相比,使用滚环扩增放大产生的标记为DNB的随机条形码取得更大的空间条形码池,同时保持序列保真度。然后对阵列进行显...
Stereo-seq时空组学技术作为一种基于DNA 纳米球(DNB) 模式阵列的全基因组技术与其他空间转录组技术相比,实现了500nm的分辨率,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。到目前为止,Stereo-seq在癌症研究领域已发表多篇文章,今天我们就一起来看一下吧。
Stereo chip的制备过程和Stereo-seq技术原理如下:首先利用一段随机合成的25nt序列作为空间坐标(coordinate identity,CID),包含25nt随机合成序列,经过滚环扩增复制,形成DNA纳米球(DNA nanoball,DNB)。DNB随后被结合到Stereo chip上,并落入芯片中数十亿规则排列的Spot上。通过DNBSEQ测序仪对芯片上的DNB进行测序(第一轮...
Stereo-seq技术的核心在于独特的DNA纳米球(DNB)阵列芯片,这个创新设计突破了传统技术在分辨率、基因捕获和视野上的局限。Stereo-seq芯片拥有单细胞级分辨率以及13 cm×13 cm超大捕获面积,可满足研究人员精确匹配目标组织大小,实现从时间和空间维度对生命发育、肿瘤演化、脑科学再生研究中的基因和细胞变化过程进行超高精度解...
对照关系保存在时空芯片CID-坐标位置对照文件中(Stereo Chip Mask文件)。DNB经Stereo-seq独有的生化方法合成携带CID的DNB后链接分子编码(Molecular ID,MID 用于区分不同转录本)和ployT,从而能捕获游离的mRNA。标准Stereo-seq文库的CID序列长度为25bp,MID长度为10bp(下图)。
Stereo-seq*是华大自主研发的时空转录技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术、可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并...
DNB阵列搭建：将DNB固定在阵列状的载体上，构建成Stereo-seq捕获芯片。组织切片加载：将组织切片放置在DNB阵列上，实现与DNA序列的杂交过程。空间信息标记：通过测序CID域，精确识别每个DNB在芯片上的位置，进而揭示RNA的空间分布。高通量测序：对整个芯片上的DNA进行深度测序，获取丰富的基因表达数据。数据分析：运用先进...