目前可公布的数据中,CellBin算法模块在多种特异性样本应用中表现优秀,部分可公布物种及样本类型分布如下(图5a)。CellBin方案可以分为自动流程(SAW)和手动介入方式(StereoMap)。SAW自动运行的CellBin分割结果,其成功率主要与拍摄参数、图像质量等因素高度相关。如果您对自动流程的分割效果不满意,可以采用手动介入的方式,...
反正大家也是买盗版,创作做的意义不大。 今日更新脚本,空间邻域差异分析(针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD) 我们要实现下面的内容(在visium平台) 第一步,做好单细胞空间联合分析,无论什么方法(cell2location、RCTD为主),并且整理好h5ad数据。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 importscanpyas...
① 利用Stereo-seq对出生后第七天(P7)的小鼠脑样本矢状面最中线处相邻2张切片进行实验,验证了已报道25个脑区特异性基因分布与报道结果一致,并且2张切片之间具有很高的一致性,bin50(50×50 DNB bins,25 µm diameter)基因数为2,276,证明了Stereo-seq原位捕获的高精度和高效性,为后续数据探索和生物学解释提供...
在HGSOC样本的3个FFPE切片中,Stereo-seq捕获的平均基因种类数范围在每100 µm2(bin 20, 10 µm× 10 µm)59.44个到每100 µm2 (bin 20)97.85个;而在AEH样本的3个FFPE切片中,Stereo-seq捕获的平均基因种类数范围在每100 µm2(bin 20)91.64-102个(表1和2)。 表1 Stereo-seq N芯片(1 cm× ...
具有亚细胞级的分辨率、厘米级的视野、高灵敏度、最小的bin空间和高bin-to-bin的重现性,这些参数都是可靠地剖析复杂组织和生物体的转录组异质性的基础。 基于标准的DNB测序方法,可以迅速提高样本通量,并在短时间内系统地分析数百个来自同一组织的连续切片。此功能对于正确理解组织中基因表达的动态以及实现3D转录组重建...
同时,研究人员也评估了Stereo-seq对组织功能区域鉴定的能力。对bin50(50×50DNB bins,25µm)的数据,利用自主开发的非监督的SCC(spatially-constrained clustering)聚类方法,进行聚类分析,鉴定到共20个大脑功能区,包括大脑皮层的不同分层,海马、丘脑、纹状体等结构及其亚结构(图2C)。
4)Cell bin实现空间单细胞水平分析 5、数据库 智能云端数据分析系统,可实现高通量大数据的多维分析。 Stereo-seq配套搭建了stereo map智能云系统,用户可自行登录系统进行空间数据分析及挖掘。 图4| Stereo Map可视化系统 6、实验技术流程 1)样本处理及质检:...
该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并通过时空条形码(Coordinate ID,CID)还原回空间位置,实现组织中基因空间表达检测,为深入地了解细胞的基因表达及形态与局部环境之间的关系建立强大的研究基础。具有大视野、超高分辨率、高技术重复性、Cell bin实现空间...
本研究收集了来自不同萌发时间点(6、24、36和48小时浸种后)的水稻种胚样品,通过华大Stereo-seq平台进行了52个胚切片的空间转录组测序分析,结果表明芯片上每个Bin50包含大约1200 UMI,平均基因数是583个;并且选取其中具有代表性的14个胚切片进一步分析。另外,作者对这4个时间点的27070个胚细胞原生质体进行了scRNA-seq...
同时,研究人员也评估了Stereo-seq对组织功能区域鉴定的能力。对bin50(50×50DNB bins,25µm)的数据,利用自主开发的非监督的SCC(spatially-constrained clustering)聚类方法,进行聚类分析,鉴定到共20个大脑功能区,包括大脑皮层的不同分层,海马、丘脑、纹状体等结构及其亚结构(图2C)。