第二类被称为原位捕获方法,并在测序前将空间条形码整合到转录物上,允许整个转录组覆盖,但空间分辨率有限(例如,Visium的spot间距为100 um)。原位捕获方法的低空间分辨率使单细胞的空间分析复杂化,需要反卷积、插补和/或整合外部单细胞转录组学资源。然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和No...
对测序数据进行计算分析,可以实现空间分辨的转录组学研究,其分辨率为500或715nm(步骤六)。 Stereo-seq流程示意图 Stereo-seq技术使每100μm2(哺乳动物单细胞的平均大小)的信号点数量明显高于任何其他可用方法。作为原理性的证明,研究人员还将Stereo-seq应用于成年小鼠的大脑和E11.5和E16.5小鼠胚胎的矢状切面,验证了...
分析结果5、DC-T免疫中枢在感染后期的恢复 scRNA-seq和Stereo-seq数据显示,在d14时,仓鼠肺中几乎不存在SARS-CoV-2 rna,肺泡DC-T免疫中枢含有Ccr7+Ido1+ dc、Cd160+Cd8+ T细胞和Tnfrsf4+Cd4+ T细胞,在d14时恢复到生理水平。同样,病理观察显示,免疫浸润和肺损伤也在d14减弱。
针对bin模式的Stereo-seq或者标准模式HD分析,不做图像分割的情况下, 合并后的superspot都跟visium分析差不多,需要和单细胞数据一起进行解卷积。当然了,这就会有课程上讲到的分析,分子聚类、细胞聚类。 解卷积的方法么,一般都是cell2location、RCTD居多,当然了,像CellTrek、CellScope等方法也都有人引用,分析完拿到空...
从空间的角度来看,为了分析细胞亚群,有两种做法, 一种类似单细胞,对同一细胞类型直接进行再分群,本质上是细胞类型内部基因表达上有差异,但是在空间上运用场景有限制,必须是高通量平台才可以,比如Stereo-seq、HD、5000+panel的Xenium等(这里说的基础分析需要做图像分割,得到单细胞级别的空间矩阵),但是对于低panel的不...
研究利用长读长测序技术结合MGI-Seq T7平台构建的Hi-C文库,组装了长雄野生稻双单倍型基因组;采用Stereo-seq分析了处于同一发育阶段的长雄野生稻地下茎和分蘖的冷冻组织切片。 研究成果 1. 长雄野生稻地下茎和分蘖的时空转录组图谱 研究人员首先组装了长雄野生稻(Oryza longistaminata)的双单倍型基因组,与之前的组装...
通过Stereo-seq实现了单细胞分辨率的成年蝾螈端脑脑区的分布和细胞类型的绘制,鉴定了成年蝾螈端脑有wntEGC、sfrpEGC、ribEGC三种EGC亚型,且ribEGC维持高度增殖状态。通过分析发育空间组学数据鉴定了与发育相关的EGC亚型dEGC,其在Stage44出现,而在青少年阶段之后消失。更有意义是,通过分析再生的空间转录组数据,发现蝾螈...
这项研究,利用华大自主研发的高分辨率、高灵敏度的时空组学技术Stereo-seq,分析了发育过程中果蝇转录组的时空变化,证明了Stereo-seq数据可用于果蝇晚期胚胎和幼虫的空间转录组的三维重建。 深圳华大生命科学研究院联合南方科技大学等单位,基于华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq,构建了模式生物果蝇的晚期胚胎和幼...
2024年2月20日,德克萨斯大学安德森癌症中心(The University of Texas MD Anderson Cancer Center)研究团队通过整合华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq、空间质谱和免疫组化等检测方法,开发出了一种能够有机结合多种空间组学数据的分析流程。 研究人员使用该分析流程检测了两种福尔马林固定的石蜡包埋(formalin-fixed paraf...
Stereo-seq基于全新探针设计的时空转录组FFPE产品方案,可提供单细胞分辨率的Total RNA空间信息。该方案利用“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获,并通过空间条形码(Coordinate ID,CID)还原回空间位置,实现全物种全转录组空间表达图谱的构建。 Stereo-seq捕获原理示意图 技术流程 分析内容 送样...