1.高质量的水稻种胚Stereo-seq和scRNA-seq数据 本研究收集了来自不同萌发时间点(6、24、36和48小时浸种后)的水稻种胚样品,通过华大Stereo-seq平台进行了52个胚切片的空间转录组测序分析,结果表明芯片上每个Bin50包含大约1200 UMI,平均基因数是583个;并且选取其中具有代表性的14个胚切片进一步分析。另外,作者对这4...
① 利用Stereo-seq对出生后第七天(P7)的小鼠脑样本矢状面最中线处相邻2张切片进行实验,验证了已报道25个脑区特异性基因分布与报道结果一致,并且2张切片之间具有很高的一致性,bin50(50×50 DNB bins,25 µm diameter)基因数为2,276,证明了Stereo-seq原位捕获的高精度和高效性,为后续数据探索和生物学解释提供...
结合空间转录组学(scStereo-seq)和scRNA-seq,建立了6-23孕周(GWs)人类大脑多个区域的时空发育图谱。 知识背景 在发育过程中,大脑通过内在基因程序产生的空间线索的复杂相互作用而发育,从而在人类大脑中产生复杂的细胞类型。 通过单细胞空间增强分辨率组学测序(scStereo-seq),绘制了228,047个个体细胞的转录组图谱,并...
① 利用Stereo-seq对出生后第七天(P7)的小鼠脑样本矢状面最中线处相邻2张切片进行实验,验证了已报道25个脑区特异性基因分布与报道结果一致,并且2张切片之间具有很高的一致性,bin50(50×50 DNB bins,25 µm diameter)基因数为2,276,证明了Stereo-seq原位捕获的高精度和高效性,为后续数据探索和生物学解释提供...
Stereo-seq数据分析,bin50. 单细胞空间联合,RCTD。 结果2、内皮异质性的特征揭示了微静脉内皮细胞的免疫调节功能 内皮细胞在血管生成、免疫浸润和乳腺癌微环境的形成中起着至关重要的作用。值得注意的是,肿瘤内皮细胞表现出广泛的表型差异,这与其解剖定位一致。
结合空间转录组学(scStereo-seq)和scRNA-seq,建立了6-23孕周(GWs)人类大脑多个区域的时空发育图谱。 知识背景 在发育过程中,大脑通过内在基因程序产生的空间线索的复杂相互作用而发育,从而在人类大脑中产生复杂的细胞类型。 通过单细胞空间增强分辨率组学测序(scStereo-seq),绘制了228,047个个体细胞的转录组图谱,并...
同时,研究人员也评估了Stereo-seq对组织功能区域鉴定的能力。对bin50(50×50DNB bins,25µm)的数据,利用自主开发的非监督的SCC(spatially-constrained clustering)聚类方法,进行聚类分析,鉴定到共20个大脑功能区,包括大脑皮层的不同分层,海马、丘脑、纹状体等结构及其亚结构(图2C)。
分析手段:scRNA-seq和50µm分辨率Stereo-seq综合分析,深入剖析CRC患者ICB反应背后的基因调控程序和细胞-细胞相互作用。 分析一、应用Stereo-seq技术研究ICB治疗的CRC患者的空间转录组图谱 单细胞 + Stereo-seq(bin100) 分析二、dMMR和pMMR肿瘤基质边界显示不同的细胞成分和空间分布 ...
Stereo-seq是国内首款高分辨率空间转录组技术,该技术基于 DNA 纳米球 (DNA Nano Ball,DNB) 开发,是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术,可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的 mRNA,并通过空间条形码 (Coordinate ID, CID) 还原...
华大的空转测序平台Stereo-seq产出两种数据格式:GEM和GEF,如下: GEM格式 GEM 格式数据由 SAP or SAW (version >= 5.1.3) 软件生成,包含5列:geneID, x, y, MIDCount, ExonCount x, y:基因在组织中的空间坐标 MIDCount:每个位点中基因表达的数量 ...