通过Wilcoxon秩和检验在Seurat中进行标记基因识别，Stereo-seq在识别如Pax6、Hes和Sox2等关键基因时，展现了技术特异性偏差下的独特准确性。特别是在识别pNR3集群中的Pax6表达时，Stereo-seq显示出了其他技术（如Slide-seq V2和BMKMANU S1000）无法比拟的准确性，这体现了Stereo-seq在特定细胞类型标记基因识别方面的独特...
③将GraphST应用于人类和小鼠组织的不同Visium、Stereo-seq和Slide-seqV2数据集(人脑、乳腺癌组织和淋巴结;小鼠乳腺癌、嗅球、大脑和胚胎),发现其在识别空间域方面优于现有的7种方法(如Seurat、Giotto等),并能有效去除批次效应,而无需明确检测批次因素。 ④ 通过GraphST将scRNA-seq数据投射到空间转录组上以预测空间...
③将GraphST应用于人类和小鼠组织的不同Visium、Stereo-seq和Slide-seqV2数据集(人脑、乳腺癌组织和淋巴结;小鼠乳腺癌、嗅球、大脑和胚胎),发现其在识别空间域方面优于现有的7种方法(如Seurat、Giotto等),并能有效去除批次效应,而无需明确检测批次因素。 ④ 通过GraphST将scRNA-seq数据投射到空间转录组上以预测空间...
特别是在识别pNR3集群中的Pax6表达时,Stereo-seq显示出了其他技术(如Slide-seq V2和BMKMANU S1000)无法比拟的准确性,这体现了Stereo-seq在特定细胞类型标记基因识别方面的独特优势。 进一步的下采样数据分析表明,测序读取量较少的细胞亚群,仍可被Stereo-seq技术轻松识别,并且Stereo-seq技术在处理具有相似表达谱的细胞...
STAMP在小鼠海马空间域的运用(Slide-seq V2) STAMP揭示了癌症相关的成纤维细胞( CosMx SMI,NSCLC) STAMP整合小鼠前、后脑切片(10x Genomics Visium ) STAMP识别跨不同技术的空间数据(Slide-seq V2, Stereo-seq and 10x Genomics Visium) STAMP揭示了胚胎发育的时空主题(Stereo-seq) 示例代码在scTM (jinmiaochenlab...
在评估不同空间转录组测序技术在mRNA空间准确性方面的性能时,通过对比Stereo-seq、Slide-seq V1.5/V2、PIXEL-seq和BMKMANU S1000等技术在不同组织(嗅球、大脑、眼组织)中利用标记基因(Slc17a7、Ptgds和Pmel)的表现,发现Stereo-seq在眼组织中对侧向扩散的控制尤为出色。
Stereo-seq技术的核心创新在于其利用DNA Nanoball（DNB）技术，将DNA捕获与测序过程融为一体，实现了对组织内基因表达空间分布的高通量分析。该技术具备高分辨率特性，可在单细胞层面进行全转录组分析。技术成果展示：Stereo-seq V2技术升级 第一代：主要适用于真核生物的检测 第二代：即将上线，敬请期待！第二代技术...
③将GraphST应用于人类和小鼠组织的不同Visium、Stereo-seq和Slide-seqV2数据集(人脑、乳腺癌组织和淋巴结;小鼠乳腺癌、嗅球、大脑和胚胎),发现其在识别空间域方面优于现有的7种方法(如Seurat、Giotto等),并能有效去除批次效应,而无需明确检测批次因素。
该技术具备高分辨率特性,可在单细胞层面进行全转录组分析。 技术成果展示: Stereo-seq V2技术升级 第一代:主要适用于真核生物的检测 第二代:即将上线,敬请期待! 第二代技术亮点: 可检测病毒、细菌、真菌以及宿主细胞和组织的空间转录组信息,功能强大。
错配修复(MMR)-缺陷(dMMR)-而非MMR-proficient(pMMR)的结直肠癌(CRC)患者往往受益于免疫检查点阻断(ICB)治疗。 DNA错配修复(MMR)缺陷/微卫星不稳定性高(dMMR/MSI-hi)肿瘤的CRC患者具有高突变负担,并且往往对ICB治疗敏感,而pMMR的患者通常具有低突变负担并且大多数无反应。