Stereo-seq是一种基于DNA纳米球(DNB)模式阵列的全基因组技术,它实现了500nm的分辨率,并同时达到了“纳米级分辨率”和“厘
Stereo-Seq是一种空间转录组技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式转录组技术,可以实现样本细胞级别的高分辨率空间转录组分析。Stereo-Seq通过空间芯片捕获组织中的mRNA,并通过时空条形码(CoordinateID,CID)还原回空间位置,实现组织原位测序,为深入地了解细胞的...
Stereo-seq技术的核心在于独特的DNA纳米球(DNB)阵列芯片,这个创新设计突破了传统技术在分辨率、基因捕获和视野上的局限。Stereo-seq芯片拥有单细胞级分辨率以及13 cm×13 cm超大捕获面积,可满足研究人员精确匹配目标组织大小,实现从时间和空间维度对生命发育、肿瘤演化、脑科学再生研究中的基因和细胞变化过程进行超高精度解...
每个DNB携带CID，用于在RNA捕获和测序过程中标识其空间位置。空间信息标记：通过测序CID域，可精确确定每个DNB的位置，从而揭示RNA在组织切片上的精确分布。全转录组测序：通过对整个芯片上的DNA进行高通量测序，可获取每个基因在组织中的表达水平数据。Stereo-seq技术的核心创新在于其利用DNA Nanoball（DNB）技术，将DNA...
Stereo-seq的进一步优化将增加基因和转录本的捕获,有助于在不需要scRNA-seq数据的情况下分配单个细胞的身份和广泛鉴定亚细胞转录组特征。前者也可以通过Stereo-seq玻片的免疫染色或结合寡核苷酸标记的抗体同时检测表面标记的蛋白质来实现,这可以很容易地纳入到DNB中。同样,我们预计Stereo-seq还将有RNA测序以外的其他应用,...
Stereo-seq*是华大自主研发的时空转录技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术、可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并...
Stereo-seq技术原理 Stereo-seq时空芯片(Stereo Chip)是用于mRNA定位的芯片,使用了与华大DNBSEQ技术相同的芯片加工工艺。时空芯片由布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状DNA纳米球(DNA NanoBall,DNB)组成。DNB是以单链环状DNA为模板,经过滚环扩增(Rolling-Circle Replication,...
Stereo-seq技术是一种结合先进测序和成像技术的创新方法,旨在深入研究空间转录组学。以下是Stereo-seq的主要实施步骤及其背后的科学原理: 核心步骤概览: 组织样本制备:从目标组织切取薄片,通常选择厚度为10微米的冰冻切片。 DNA Nanoball (DNB)构建: 合成包含多个功能域的DNA寡核苷酸,这些域包括随机条形码序列、坐标标识...
Stereo chip的制备过程和Stereo-seq技术原理如下:首先利用一段随机合成的25nt序列作为空间坐标(coordinate identity,CID),包含25nt随机合成序列,经过滚环扩增复制,形成DNA纳米球(DNA nanoball,DNB)。DNB随后被结合到Stereo chip上,并落入芯片中数十亿规则排列的Spot上。通过DNBSEQ测序仪对芯片上的DNB进行测序(第一轮...
Stereo chip的制备过程和Stereo-seq技术原理如下:首先利用一段随机合成的25nt序列作为空间坐标(coordinate identity,CID),包含25nt随机合成序列,经过滚环扩增复制,形成DNA纳米球(DNA nanoball,DNB)。DNB随后被结合到Stereo chip上,并落入芯片中数十亿规则排列的Spot上。通过DNBSEQ测序仪对芯片上的DNB进行测序(第一轮...