STARR-seq的一个主要限制是它在技术上具有挑战性,以适应人类基因组的巨大规模;它需要大规模的克隆并产生人类调控元件的浅层测序覆盖。此外,STARR-seq可检测可及和不可及的染色质。 因此,许多检测区域来自异染色质,并且不太可能在所讨论的细胞类型中具有转录活性。 为了缩小检测范围,最近的方法将STARR-seq与捕获可...
STARR-seq不太可能受到随机基因组整合引起的位置效应的影响。 对于大多数细胞类型而言,STARR-seq的时间范围为单个细胞周期或更少。 STARR-seq还可以测量不可接近染色质内序列的增强子活性。 STARR-seq是用来解决基因调控的长期和基本问题的强有力工具。 活性增强子的DNA序列特征 STARR seq的全基因组增强子活性图谱提供了...
iSTARR-seq增强子的活性与其体外RT-PCR定量活性之间存在良好的相关性(图2.3f, Pearson相关性,r=0.8082)。这些结果表明,STARR-seq实验中由于大量aST的丢失,许多STARR-seq鉴定的增强子可能是假阳性的,同时,由于aST的丢失,有相当多的增强子也无法被识别。 与STARR-seq增强子的分布模式不同,iSTARR-seq增强子在转录起始位...
一种高通量的验证方法例如self-transcribing active regulatory region-sequencing(STARR-seq)能够对基因组范围内的CRMs进行大规模的评估。在STARR-seq中,基因组片段被打断并添加barcode,打断后的片段被克隆到报告基因的3’UTR区域,从而创建了一个报告基因库中衍生的RNA片段表明了CRMs的活性(图5B)。 https://zhuanlan.z...
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。 截至目前为止,该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。 STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers ...
enhancers和Epromoters的鉴定过程是从公开的GEO数据库中筛选和分析已发表的STARR-seq和MPRA数据，通过Enhancer peak calling技术来识别活性序列。RAEdb的功能包括直观浏览和查询。用户可以选择研究队列、序列、基因或位置进行查找，但其查询机制略显局限，例如，搜索1号染色体的9975360-9975398区域的enhancer，精确...
本申请实施例的提供了一种用于体内检测的STARR‑seq系统及其质粒骨架、文库和构建方法,以提高增强子检测灵敏度。其中,用于生物体内检测的STARR‑seq系统的病毒质粒骨架,包括:5’ITR元件、3’ITR元件和具有ORI元件的基因表达框,其中ORI元件位于所述5’ITR元件和所述3’ITR元件的外侧。 法律状态 序号法律状态公告日...
近日,厦门大学生命科学学院欧阳鑫昊团队在Plant Biotechnology Journal上在线发表了题为“Genome-Wide Prediction of Activating Regulatory Elements in Rice by Combining STARR-seq with FACS”的研究论文。该研究团队开发出一种流式细胞荧光分选技术(FACS)与STARR-seq联合使用的新方法,显著提升了水稻转录激活元件预测的准...
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