STARR-seq是一种异位的、基于质粒的检测方法,所测得的活性直接反映增强子序列的调节能力。 该测量不受候选序列在转录本中的位置或其方向的影响,并准确反映了细胞信号(如激素治疗)后的活动变化,突出了其外膜反应性。 STARR-seq不太可能受到随机基因组整合引起的位置效应的影响。 对于大多数细胞类型而言,STARR-seq的...
iSTARR-seq特有的增强子的 aSTs 比例显著高于STARR-seq特有增强子以及共有增强子,且STARR-seq特有增强子的 aSTs 比例是最低的(图2.3b)。STARR-seq结果中73.2%的增强子分布在CDS区域,而iSTARR-seq结果中增强子分布在CDS区域只占41.6%。在拟南芥基因组中,aST与iSTARR-seq增强子和APASs同样富集于相同的基因组区域(图2.3...
STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers 2 鉴定enhancers和epromoters的流程 enhancers和epromoters的鉴定流程如下图: 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据,然后分别进行Enhancer peak calling ,鉴定具有enhancers和Ep...
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。 截至目前为止,该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。 STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers ###2 鉴定enhancers和epromoters的流程 enhance...
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。 截至目前为止,该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。 STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers ...
STARR-seq:该方法是用来评估增强子(启动子)活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers enhancers和epromoters的鉴定流程如下图: 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据,然后分别进行Enhancer peak calling ,鉴定具有enhancers和Epromoters活性的序列。
Self-transcribing active regulatory region sequencing (STARR-seq) is a massively parallel reporter assay to identify transcriptional enhancers directly based on their activity in entire genomes for millions of candidates from arbitrary sources of DNA and to assess their activity quantitatively (Arnold et ...
STARR-seq:该方法是用来评估增强子(启动子)活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers enhancers和epromoters的鉴定流程如下图: 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据,然后分别进行Enhancer peak calling ,鉴定具有enhancers和Epromoters活性的序列。
enhancers和Epromoters的鉴定过程是从公开的GEO数据库中筛选和分析已发表的STARR-seq和MPRA数据，通过Enhancer peak calling技术来识别活性序列。RAEdb的功能包括直观浏览和查询。用户可以选择研究队列、序列、基因或位置进行查找，但其查询机制略显局限，例如，搜索1号染色体的9975360-9975398区域的enhancer，精确...
In their STARR-seq (self-transcribing active regulatory region sequencing) approach, candidate sequences are cloned downstream of a minimal promoter, such that enhancers will stimulate their own transcription. Enhancer strength is thus reflected by the relative abundance of enhancer transcripts. STARR-...