STARR-seq是一种异位的、基于质粒的检测方法,所测得的活性直接反映增强子序列的调节能力。 该测量不受候选序列在转录本中的位置或其方向的影响,并准确反映了细胞信号(如激素治疗)后的活动变化,突出了其外膜反应性。 STARR-seq不太可能受到随机基因组整合引起的位置效应的影响。 对于大多数细胞类型而言,STARR-seq的...
iSTARR-seq特有的增强子的 aSTs 比例显著高于STARR-seq特有增强子以及共有增强子,且STARR-seq特有增强子的 aSTs 比例是最低的(图2.3b)。STARR-seq结果中73.2%的增强子分布在CDS区域,而iSTARR-seq结果中增强子分布在CDS区域只占41.6%。在拟南芥基因组中,aST与iSTARR-seq增强子和APASs同样富集于相同的基因组区域(图2.3...
STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers 2 鉴定enhancers和epromoters的流程 enhancers和epromoters的鉴定流程如下图: 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据,然后分别进行Enhancer peak calling ,鉴定具有enhancers和Ep...
RAEdb的核心资源来自STARR-seq和MPRA实验数据，目前它已积累了500,000个已验证的enhancers，7,500个Epromoters，涉及55个样本和8项研究。STARR-seq用于评估启动子区域的增强子活性，而Epromoters则兼有启动子和远程基因增强子的功能。enhancers和Epromoters的鉴定过程是从公开的GEO数据库中筛选和分析已发表的S...
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。 截至目前为止,该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。 STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers ...
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。 截至目前为止,该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。 STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers ...
STARR-seq:该方法是用来评估增强子(启动子)活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers enhancers和epromoters的鉴定流程如下图: 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据,然后分别进行Enhancer peak calling ,鉴定具有enhancers和Epromoters活性的序列。
In this review we focus on the principles and applications of STARR-seq, a functional assay that quantifies enhancer strengths in complex candidate libraries and thus allows activity-based enhancer identification in entire genomes. We explain how STARR-seq works, discuss current uses and give an ...
STARR-seq enterpriseNature Structural & Molecular Biology 20, 308 (2013). doi:10.1038/nsmb.2539Author: Beth Moorefielddoi:10.1038/nsmb.2539MoorefieldBethPubMedNature Structural & Molecular Biology
STARR-seq - Principles and applications Differential gene expression is the basis for cell type diversity in multicellular organisms and the driving force of development and differentiation. It i... Muerdter,Felix,Boryn,... 被引量: 0发表: 0年 Genome-Wide Quantitative Enhancer Activity Maps ...